Фундаментальною ідеєю його педагогіки був пансофізм, тобто узагальнення всіх здобутих цивілізацією знань і донесення цього узагальненого знання через школу рідною мовою до всіх людей, незалежно від суспільної, расової, релігійної приналежності.
Для виконання цього завдання і розроблялася система дидактичних поглядів, в основі якої лежала низка дидактичних принципів. Одним із найважливіших є принцип наочності, який був покладений в основу пізнання і навчання. Коменський першим теоретично обґрунтував його, розуміючи наочність не тільки як зорову, а й як залучення всіх органів відчуття до повноцінного і всебічного сприйняття речей та явищ. У зв'язку з цим він сформулював "золоте правило" дидактики: "Усе, що тільки можливо, представляти для сприйняття відчуттями: видиме для сприйняття - зором; те, що можна чути, - слухом, запахи нюхом; те, що належить брати на язик, - смаком; доступне огляду - шляхом огляду. Якщо які-не-будь предмети зразу можна сприймати декількома відчуттями, нехай вони зразу ж схоплюються декількома відчуттями".
Навчання повинно розпочинатися не з розповіді, а з конкретних спостережень за предметом вивчення. У випадку неможливості безпосереднього спостереження цей предмет потрібно замінювати картинками, моделями, малюнками.
Коменський опирався і на принцип свідомого навчання. Стосовно цього він писав: "Нічого не потрібно примушувати вивчати напам'ять, окрім того, що добре зрозуміле розумом". А для цього "... на кожному предметі потрібно зупинятися до тих пір, поки він не буде зрозумілим".
Важливе значення мав також принцип систематичності навчання. Згідно з ним необхідно доводити учнів до розуміння зв'язку між явищами і так організовувати навчальний матеріал, щоб він не здавався учням хаосом. У навчанні слід іти від фактів до висновків, від прикладів до правил, від конкретного до абстрактного, від легкого до важкого, від загального до часткового. Спочатку слід давати загальне уявлення про предмет чи явище і лише згодом переходити до вивчення окремих його сторін.
Значну увагу приділяв Коменський принципу послідовності навчання, згідно з яким вивчення навчального матеріалу потрібно планувати таким чином, щоб засвоєння нового було підготовлене попередніми заняттями. З огляду на вікові особливості дітей рекомендувалося спочатку розвивати відчуття учнів, потім пам'ять, далі мислення і, зрештою, мову і "руку", оскільки учень повинен уміти правильно виразити засвоєне і застосувати його на практиці.
Принцип посильності навчання для учнів. Дітей потрібно навчати тільки тому, що доступне для їхнього віку. А цього досягнути можна лише за умови ясності викладу навчального матеріалу і повідомлення основного без зайвих деталей.
Принцип міцності засвоєння учнями навчального матеріалу. Педагог радив не поспішати у навчанні, а краще закладати "міцну основу" для засвоєння наступного. Все, що має зв'язок, повинне подаватися "у зв'язку". Кожну тему слід резюмувати у коротких точних правилах. Для міцності засвоєння вивченого матеріалу широко використовувати вправи на повторення. "Тому, що належить виконувати, потрібно вчитися на дім", - говорив Коменський, визначаючи правила, згідно з якими слід придумувати вправи.
