Коменський розробив періодизацію і систему шкільної освіти. Все життя дитини він розбив на чотири вікових періоди по 6 років у кожному. І для окремого періоду пропонується своя школа: дитинство - від народження до 6-ти років - материнська школа; отроцтво - від 6-ти до 12-ти років - школа рідної мови; юність - від 12-ти до 18-ти років - латинська школа чи гімназія; змужнілість - від 18-ти до 24-х років - академія чи університет.
В системі Коменського першим ступенем навчання є материнська школа - це сім'я, де протікає життя дитини від народження до 6-тн років. Вихованню дітей цього віку він присвятив роботу під назвою “Материнська школа". Головним призначенням цієї школи він вважав захист дитини від шкідливих впливів, а також створення твердої основи для всієї системи наступного навчання і виховання. Тут визначався зміст, організація, методи виховання дітей в сім'ї і обов'язки батьків. Головний обов'язок батьків полягає в тому, щоб турбуватися про здоров'я дітей, починаючи з процесу зачаття, для чого жінка повинна саме в цей період піклуватися про своє здоров'я, щоб не зашкодити майбутній дитині. Великого значення в материнській школі він надавав грі. Коменський пропонував у цьому віці здійснювати необхідний розумовий розвиток дитини. В той час панувала точка зору, що дитина від народження наділена такою ж душею, інтелектуальними якостями та іншими здібностями, що й доросла людина. При цьому не брались до уваги вікові особливості духовного розвитку дитини. Коменський висуває в своїх роботах принцип природо відповідності, згідно з яким в навчальному процесі необхідно враховувати вікові особливості дитини. Другим ступенем в системі освіти і виховання Коменського є шкала різної мови, котра, на його думку, повинна бути в кожній общині, кожному населеному пункті. Навчання на цьому етані повинно проводитись рідною мовою, причому учитися повинні всі діти обох статей, незалежно від станів, віросповідань і національності. Третім ступенем навчання, запропонованим Коменським. була латинська школа чи гімназія. На його думку, це повинна бути всезагальна школа, де навчалися б юнаки незалежно від їх майнового і спінового положення. Такі гімназії повинні бути відкриті в кожному місті і складатися з 6 чи 7 класів. Тут, крім “семи вільних мистецтв" (граматика, діалектика, риторика, арифметика, геометрія, музика і астрономія), пропонувалось вивчати фізику, географію, історію і мораль. Кожному з 6-ти класів гімназії давалась своя назва, і кожен клас включав історію як предмет і підпорядковував її викладання вивченню основної науки. Так. наприклад 1-й клас - граматичний. 2-й клас - фізичний, де передбачалось вивчати історію природознавства. 3-й клас - математичний, де повинна була вивчатись історія мистецтв разом з історією різних винаходів. 4-й клас - етичний. В ньому повинні були вивчатись історія моралі і найкращі приклади добра. 5-й клас - діалектичний, передбачав для вивчення звичаї різних народів. 6-й клас - риторичний, предметом вивчення якого повинна були загальна історія, тобто історія всієї землі і головних народів. Встановлюючи таку послідовність вивчення основ наук. Коменський виходив із своїх філософських поглядів, а також Із теорії сенсуалізму і був на той час педагогом -новатором. Академія і подорож (18-24 р.) є останнім, вищим ступенем навчання в системі Коменського. Це вік змужнілості чи зрілості. В часи Коменського академія мала 3 традиційних факультети: богословський, юридичний і медичний. Великого значення надавалось забезпеченню вищої школи того часу висококваліфікованими вченими, необхідною літературою, приділялась велика увага комплектуванню добре підготовленими студентами. В систему занять, поряд з лекціями, входила обов'язково система самостійної роботи студентів, а також подорожі, які сприяють розширенню знань. До того ж подорожі вважались обов'язковою частиною вищої освіти.
