У 1364 році король Польщі Казимир Великий одержав від Папи Римського дозвіл заснувати університет у Кракові, на той час польській столиці. Раніше Краківського університету в центральній Європі був відкритий лише Празький університет (1348 р.), а незабаром після нього з'явилися університети у Відні (1365 р.) та Пені (1367 р.). Папа Урбан V, проте, не дозволив викладання теології в Кракові, обмеживши університет факультетами вільних мистецтв, медицини та права. Згідно із порядками, заведеними у Болоньї і Падуї, студенти самі обирали ректора університету, причому його резиденція знаходилася в королівській фортеці Вавель. Престолонаслідник, передчасно померлого Казимира Великого, Людовик Анжуйський не цікавився розвитком Краківського університету, який швидко занепав. Новий імпульс його розвитку дала королева Ядвіга. Вона особисто захищала інтереси Краківського університету перед Папою Римським у Авіньоні і заповіла університету всі свої статки. Найважливішу роль у створенні Краківського університету зіграв і її царствений чоловік Ладислав II Ягелло, ім'ям якого згодом назвали цей університет. Знову він відкрився в 1400 році, і з цього ж часу в ньому розпочали викладати теологію. За образом Паризького університету, ректора тепер обирали вже не студенти, а професори. Краківський (Яґеллонський) університет швидко завоював славу одного з провідних центрів освіти та науки в середньовічній Європі. Вже до середини XV ст. в Кракові сформувалася школа математики і астрології. В 1491-1495 роках у Краківському університеті навчався Микола Коперник, який завжди вважав його своїм Alma Mater. У ті роки до половини всіх студентів, які навчалися в університеті, приїжджали з-за кордону. Краківський університет вважався центром середньовічної алхімії. Згідно з легендою, в Кракові якийсь час жив знаменитий доктор Фауст. Нарешті, перші систематичні дослідження географії східних земель також були проведені в Кракові. У першій половині XVI ст. відкинув ідеї реформації, результатом чого стало різке падіння його популярності серед студентів Німеччини та Угорщини. Як оплот католицької теології, університет приваблював лише студентів з Литви та Польщі. До кінця XVIII ст. в Краківському університеті були відкриті астрономічна обсерваторія, ботанічний сад, клініка і низка наукових лабораторій. Разом з країною Краківський університет у XVIII ст. пережив важкі часи. Послідовні поділи Польщі між Австрією, Пруссією та Росією поставили під загрозу саме існування університету. Уряди цих країн розглядали його як колиску революційних і національно-визвольних ідейУ ті ж роки в До початку першої світової війни Краківський університет налічував близько ста кафедр, на яких навчалося понад 3000 студентів. Після здобуття незалежності Польщею в 1918 році число польських університетів збільшилося від двох (Краків, Львів) до п'яти (додалися Варшава, Вільнюс, Познань), причому професорсько-викладацький склад нових університетів формувався в основному з випускників Краківського університету. Проте велика депресія 1930-1934 років призвела до різкого скорочення фінансування університетів [1]. У роки другої світової війни Краківський університет втратив багато викладачів та студентів. Університетські лабораторії, бібліотека та засоби навчання були в основному знищені або вивезені до Німеччини, дослідження припинилися, і академічні контакти були розірвані. 1948 рік ознаменував собою початок найгіршого періоду в історії університету в післявоєнний період. Польська влада в повному обсязі контролює кожен аспект життя університету. Деякі професори були звільнені. Університет був змушений відмовитись від своєї друкарні і багатьох факультетів, був повністю позбавлений всіх автономій та права проводити наукові дослідження. Великі зміни стались в університеті в 1956 році. Професорам, котрі були звільнені в післявоєнний період, було дозволено відновити свою роботу. Також почало відновлюватись студентське самоврядування. Уряд, однак, залишив за собою право на контроль за діяльністю університету . Одним з найвідоміших його випускників був Кароль Войтила – Папа Римський Іоанн Павло II [1]. Отже, Яґеллонський університет є найстарішою науковою установою Польщі, його існування було безперервним, незважаючи на всі політичні потрясіння яких зазнавала Польща. Нині, Ягелонський університет – це унікальне та одночасне поєднання стародавньої, багатої історії та сучасних інноваційних процесів і розробок.
