Університет Монпельє один з найстаріших у Франції. У 1180 році Гійом VIII, що був правителем Монпельє, дозволив практикувати й викладати в місті медицину. У 1220 році кардинал Конрад, легат папи Гонорія III, заснував у Монпельє перший у Франції медичний факультет. У 1242 році єпископ Магелона підтвердив статут новоствореної Школи вільних мистецтв. Близько 1260 року в Монпельє почали організовуватися правники. 1289 року папа римський Миколай IV буллою «» проголосив заснування в Монпельє університету. Тут можна було вивчати медицину, право, теологію та філософію.Невдовзі університет розвинувся до високої школи з неабияким інтелектуальним рівнем. У 1531 році на медичний факультет університету записався гуманіст і письменник Франсуа Рабле.
Гугенотські війни поклали край процвітанню університету. Теологічний факультет було закрито, загалом діяльність університету зосередилася у цей час переважно на медицині. Університет був гідною конкуренцією Сорбонні: більшість особистих лікарів французького короля закінчили саме університет Монпельє.
У часи Французької революції університет було зліквідовано. Проте багато викладачів продовжили викладати підпільно. Та потреба в лікаря змусила вже в 1794 році відкрити три «Школи здоров'я» у Парижі, Страсбурзі й Монпельє.
1808 року відбулося нове заснування університету, до якого долучили медичний факультет. У 1816 році було засновано факультет літератури. 1838 року — факультет природничих наук, згодом — школу фармації. Юридичний факультет з'явився лише в 1878 році.
Видатні студенти й викладачіРаймунд Луллій (1232–1316) — каталонський філософ, письменник і богослов.Арнальдо де Віланова (1238–1311) — каталонський лікар, алхімік, астролог.Гійом де Ногаре, професор права з 1287 по 1293.Петрарка — студент права з 1317 по 1320.Урбан V — папа римський, навчався в 1342.Бенедикт XIII (антипапа) — антипапа з 28 вересня 1394 до смерті.Нострадамус, студент медицини з 1529 по 1530.Франсуа Рабле, бакалавр медицини з 1530.Конрад Ґеснер, студент медицини в 1540–1541.Фелікс Платтер, доктор медицини в 1554.П'єр Ріше де Бельваль, (бл. 1555, 1632), засновник ботанічного саду в Монпельє.Томас Браун — англійський лікар і письменник.Поль Валері, студент права в 1894 — французький поет і філософ.Мішель Анрі — французький письменник і філософ.Александр Гротендік, медаль Філдса 1966.
