При здійсненні переміщення товарів, транспортних засобів і предметів між країнами важливе значення має точне й правильне визначення митної території і митного кордону. Неточності в цьому призводять до виникнення конфліктів при перетині кордону.
Поняття митної території та її визначення виходить із загальноприйнятих у міжнародному праві підходів до визначення суверена, закріпляється безпосередньо нормативними актами і є проявом одного з важливих принципів митної політики — принципу єдності митної території України.
Відповідно до ст. 5 МК України територія України, зайнята-сушею, територіальне море, внутрішні води, повітряний простір, а також штучні острови, установки та споруди, що створюються у виключній морській економічній зоні України, на які поширюється виключна юрисдикція України, складає єдину митну територію України. Загалом митна територія збігається з державним кордоном України. В той же час митна територія не збігається з державною територією, оскільки подекуди із митної території можуть вивчатися ділянки державної території, чи, навпаки, включатися ділянки, що знаходяться поза межами державного кордону.
Поняття митного кордону безпосередньо визначається ст. 6 МК України, де встановлено, що межі митної території України є митним кордоном України. Елементами митного кордону України є також периметри вільних митних зон і вільних складів.
У митному праві прийнято виділяти зовнішній і внутрішній кордони. Зовнішній митний кордон розмежовує митний кордон суміжних держав і переважно збігається з державним кордоном. Виняток складає периметр вільних митних зон і вільних складів. Охорона зовнішнього кордону здійснюється прикордонними військами спільно митницею. Внутрішній митний кордон складають периметри вільних митних зон і вільних складів. Внутрішній митний кордон, як правило, знаходиться усередині держави (митні пости в аеропортах). Загалом обидва кордони за своїм правовим статусом прирівняні, але є й різниця. Так територія вільної митної зони та вільного складу розглядаються як прикордонні і в'їзд у них здійснюється за спеціальними перепустками через спеціальні контрольно-пропускні пункти.