Митні органи та їх посадові особи при виконанні покладених на них завдань взаємодіють з іншими органами державної влади, органами місцевого самоврядування.
Спеціально уповноважений центральний орган виконавчої влади в галузі митної справи інформує Президента України та Кабінет Міністрів України про виконання покладених на нього повноважень, вносить пропозиції з питань удосконалення чинного законодавства України і практики його реалізації.
Митні органи взаємодіють з іншим органам виконавчої влади та сприяють їм у виконанні покладених на них завдань. Співробітництво і взаємовідносини органів виконавчої влади з митними органами спрямовані на зміцнення економічного потенціалу регіону, до якого вони відносяться. Адже одним з основних завдань регіональних митниць та митниць є створення сприятливих умов для розвитку зовнішньоекономічної діяльності підприємств, організацій та установ регіону, а також прискорення товарообігу та пасажиропотоку через митний кордон України.
Обмін статистичної та іншого роду інформації між митними органами, спеціалізованими митними установами та організаціями з іншими державними органами здійснюється у порядку, визначеному відповідними законодавчими актами, що регулюють діяльність цих органів.
Митні органи взаємодіють з Прикордонними військами та правоохоронними органами України на засадах і в порядку, визначеному законодавчими та іншими нормативно-правовими актами України.
У разі виявлення під час здійснення митних процедур працівниками митних органів ознак злочинів керівник митного органу чи особа, яка його заміщує, повідомляє про це відповідні правоохоронні органи або органи охорони державного кордону України.
У свою чергу, органи охорони державного кордону України та правоохоронні органи повідомляють митним органам про виявлені порушення митних правил або контрабанду. Взаємодія між митними, правоохоронними органами та органами охорони державного кордону, здійснюється шляхом проведення спільних операцій, створення оперативних робочих груп.
При здійснені ветеринарного контролю митні органи взаємодіють з регіональними службами державного ветеринарно-санітарного контролю на державному кордоні та транспорті, їх структурними підрозділами (пунктами).
При здійсненні контролю за переміщенням культурних цінностей митні органи взаємодіють із спеціально уповноваженим державним органом контролю за вивезенням, ввезенням і поверненням культурних цінностей - Державною службою контролю за переміщенням культурних цінностей через державний кордон України при Міністерстві культури і мистецтв України, а також з Головним архівним управлінням України та Національною комісією з питань повернення в Україну культурних цінностей.
Митні органи взаємодіють з Національним банком України, інформують Національний банк України та відповідні фінансові органи України про перерахування ними коштів до Державного бюджету України.
Національний банк України видає нормативно-правові акти з питань, віднесених до його повноважень, які є обов’язковими для митних органів, спеціалізованих митних установ та організацій та їх посадових осіб. Нормативно-правові акти Національного банку України повинні бути зареєстровані в Міністерстві юстиції України.
