Яйца здоровой птицы, как уже отмечалось ранее, не содержат микроорганизмов. Стерильность яиц при соответствующих условиях хранения может сохраняться продолжительное время, несмотря на наличие пор в скорлупе. Это объясняется тем, что яйцо представляет собой живую зародышевую клетку, обладающую естественным иммунитетом. Защита яйца от проникновения и размножения в нем микробов обеспечивается скорлупой, подскорлупными оболочками и бактерицидными свойствами белка. На поверхности скорлупы при снесении яйца откладывается слой слизи, который, подсыхая, образует надскорлуп-ную пленку - кутикулу. В состав кутикулы входит лизоцим, обладающий бактерицидным действием. Кутикула легко повреждается, поэтому яйца, предназначенные для хранения, не рекомендуется мыть. В составе подскорлупных оболочек также имеется лизоцим.
Белок яйца обладает наиболее сильным бактерицидным действием, он способен убивать многие микроорганизмы, особенно грамположительные палочки, плесневые грибы и дрожжи.