Военная прокуратура, хотя и входит в единую систему органов прокуратуры, является автономной и только в своей верхней части включена в структуру Генеральной прокуратуры РФ, в которой действует Главная военная прокуратура (возглавляемая заместителем Генерального прокурора РФ — Главным военным прокурором). В состав военной прокуратуры, кроме того, входят прокуратуры военных округов, флотов, прокуратура Ракетных войск стратегического назначения, прокуратура Федеральной пограничной службы РФ, Московская городская военная прокуратура и другие военные прокуратуры, приравненные к прокуратурам субъектов Российской Федерации, а также прокуратуры гарнизонов, объединений и соединений, приравненные к прокуратурам городов и районов.
Нужно отметить, что Закон о прокуратуре от 17 ноября 1995 г. содержит отдельный раздел об особенностях организации и обеспечения деятельности органов военной прокуратуры (ст. 46—50). В нем регламентируются построение военной прокуратуры, полномочия прокуроров по установлению и устранению нарушений законности в Вооруженных Силах, войсках и других воинских структурах, требования к кадрам органов военной прокуратуры, материальное и социальное обеспечение работников военной прокуратуры.
Систему органов военной прокуратуры составляют Главная военная прокуратура, военные прокуратуры военных округов, флотов, Ракетных войск стратегического назначения, Федеральной пограничной службы Российской Федерации, Московская городская военная прокуратура и другие военные прокуратуры, приравненные к прокуратурам субъектов Российской Федерации, военные прокуратуры объединений, соединений, гарнизонов и другие военные прокуратуры, приравненные к прокуратурам городов и районов (далее – органы военной прокуратуры). В военных прокуратурах, приравненных к прокуратурам городов и районов, по решению Главного военного прокурора могут создаваться прокурорские, прокурорско-следственные и следственные участки.
В местностях, где в силу исключительных обстоятельств не действуют иные органы прокуратуры Российской Федерации, а также за пределами Российской Федерации, где в соответствии с международными договорами находятся войска Российской Федерации, осуществление функций прокуратуры может быть возложено Генеральным прокурором Российской Федерации на органы военной прокуратуры.
Образование, реорганизация и ликвидация органов военной прокуратуры, определение их статуса, компетенции, структуры и штатов осуществляются Генеральным прокурором Российской Федерации, приказы которого по этим вопросам реализуются в соответствии с директивами Генерального штаба Вооруженных Сил Российской Федерации, командования Федеральной пограничной службы Российской Федерации, других войск, воинских формирований и органов. Иные организационно- штатные вопросы решаются Главным военным прокурором совместно с Генеральным штабом Вооруженных Сил Российской Федерации, командованием Федеральной пограничной службы Российской Федерации, других войск, воинских формирований и органов в пределах установленной штатной численности.
Органы военной прокуратуры возглавляет заместитель Генерального прокурора Российской Федерации – Главный военный прокурор, который руководит деятельностью органов военной прокуратуры, обеспечивает подбор, расстановку и воспитание кадров, проводит аттестацию военных прокуроров и следователей, издает приказы и указания, обязательные для исполнения всеми военными прокуратурами. Свои полномочия органы военной прокуратуры осуществляют в Вооруженных Силах Российской Федерации, других войсках, воинских формированиях и органах, созданных в соответствии с федеральными законами и иными нормативными правовыми актами.
Структуру Главной военной прокуратуры составляют управления, отделы (самостоятельные и в составе управлений), канцелярия и приемная. Начальники управлений и самостоятельных отделов являются старшими помощниками, а их заместители, начальники отделов в составе управлений, канцелярии и приемной – помощниками Главного военного прокурора. Положения о структурных подразделениях Главной военной прокуратуры утверждаются Главным военным прокурором. В управлениях и отделах устанавливаются должности старших прокуроров и прокуроров, старших прокуроров-криминалистов и прокуроров-криминалистов, а также старших следователей по особо важным делам и следователей по особо важным делам.
В Главной военной прокуратуре образуется коллегия в составе Главного военного прокурора (председатель), его первого заместителя и заместителей (по должности), других прокурорских работников, назначаемых Главным военным прокурором. Персональный состав коллегии утверждается Генеральным прокурором Российской Федерации по представлению Главного военного прокурора.
Статья 47 Закона регламентирует основные полномочия военных прокуроров, которые во многом определяются спецификой их деятельности по осуществлению прокурорского надзора в войсках.
Главный военный прокурор и подчиненные ему прокуроры обладают в пределах своей компетенции полномочиями, определенными настоящим Федеральным законом, и осуществляют их независимо от командования и органов военного управления в соответствии с законодательством Российской Федерации.
Военные прокуроры также обладают полномочиями: участвовать в заседаниях коллегий, военных советов, служебных совещаний органов военного управления; назначать вневедомственные ревизии и проверки, затраты на проведение которых возмещаются по постановлению прокурора органами военного управления, где состоят на довольствии проверяемые воинские части и учреждения; по предъявлении служебного удостоверения беспрепятственно входить на территории и в помещения воинских частей, предприятий, учреждений, организаций и штабов независимо от установленного в них режима, иметь доступ к их документам и материалам; проверять законность содержания осужденных, арестованных и задержанных военнослужащих на гауптвахтах, в дисциплинарных частях и других местах их содержания, немедленно освобождать незаконно содержащихся там лиц; требовать обеспечения охраны, содержания и конвоирования лиц, находящихся на войсковых и гарнизонных гауптвахтах, в иных местах содержания задержанных и заключенных под стражу, соответственно воинскими частями, военными комендантами, караулами по конвоированию внутренних войск Министерства внутренних дел Российской Федерации, органами и учреждениями внутренних дел Российской Федерации.
