В период экстенсивного развития сельского хозяйства основным видом воздействия на естественные биоценозы были распашка земель и сведение лесов. Сильное отрицательное воздействие на природу (эрозия, обеднение почв) проявилось в Китае уже во 2 - 3 тысячелетиях до нашей эры; состояние лесов в Центральной России уже в конце 17 века было столь тревожное, что Петр I, издал специальный закон, регулирующий вырубки. Но эти и множество других отрицательных воздействий несравнимы с последствиями интенсификации сельского хозяйства во второй половине XX века.
Злоупотребление интенсивными технологиями привело к деградации окружающей среды, потерям сельхозугодий и дефициту воды. Сокращение пахотно-пригодного фонда (проблема № 1 в мире) вызвана, во-первых, захватом сельхоз земель под транспортное, городское или рекреационное строительство, а во-вторых, ростом процессов и потерей гумусного слоя опустынивания и засоления почв в районах орошаемого земледелия.
Эрозия почв — новое явление, так как многие некогда плодородные земли стали с огромной быстротой превращаться в пустыню. Мировая пашня теряет ежегодно около 26 млрд. гумуса, что связано с чрезмерной распашкой особенно подверженных эрозии почв — на склонах холмов или в полуаридной зоне, применением тяжелой техники, химизацией, изменением севооборотов.
Наиболее эффективные меры борьбы с эрозией были предприняты с 1985 года в США, когда американский конгресс принял закон об аренде у фермеров и консервации эродированных земель с целью превращения их в леса и луга.
Непоправимый вред природе приносит вырубка лесов, которая в том числе связана и с расширением распаханных площадей и пастбищ. Леса в тропиках способствуют выпадению осадков и помогают сохранить воду и землю, при их вырубке в атмосфере растет содержание углекислого газа, что наряду с интенсивными выбросами транспорта и промышленности ведет к глобальному потеплению климата.
Серьезная опасность для человечества таится также и в обеднении природного генофонда. Это связано с сокращением культивируемых видов и сортов, используемых в сельском хозяйстве и преимущественным разведением наиболее продуктивных и устойчивых к какому-либо негативному влиянию растений и животных. Но устойчивость естественных биоценозов — прежде всего в их биоразнообразии, поэтому в некоторых странах создаются банки генов, где поддерживается разведение различных пород скота и видов растений.
Как оказалось, одним из наиболее опасных для экологического равновесия воздействий является также связанная с сельским хозяйством интродукция новых видов (например фауна Австралии сильно пострадала от ввоза туда овец, кроликов и т. д.).
Необходимо отметить также, что активное внедрение в практику сельского хозяйства новейших достижений биотехнологии — генетически измененных видов растений и животных — таит в себе пока еще не до конца исследованный и осознанный мировым экономическим сообществом вред.
