Процесс становления системы регионального управления в Сибири протекал в рамках общероссийской традиции, но имел ряд существенных особенностей. По мере вхождения отдельных областей Сибири в состав Российского государства было установлено её подчинение сначала приказу казанского дворца (с 1599), а затем Сибирскому приказу (с 1637). Центром управления Сибирью стал Тобольск.
На протяжении XVII века в Сибири было учреждено двадцать уездов, каждый из которых возглавлялся воеводой с соответствующим штатом приказной избы (дьяки, подьячие, толмачи-переводчики, «письменные головы», палач, бирич-глашатай и др.). Назначение на должность осуществлялось частично Москвой, частично властью самого воеводы. В наиболее крупные города направлялись товарищи воевод в качестве помощников.
Воеводские должности замещались титулованной знатью и обладателями высших дворянских званий, а также представителями служилого дворянства, получившими по итогам ратной службы пожалование на административную должность. При решении о назначении на воеводские места в Сибирь учитывались заслуги претендента на предыдущей службе, общий стаж профессиональной деятельности в сфере государственного управления, а так же значимость города. Центральные власти старались менять воевод каждые 2-3 года.
В Сибири рано сложилось областное деление – разряды, объединившие несколько уездов. В 1629 году 15 уездов Западной Сибири были распределены в Тобольский и Томский разряды. Во второй половине XVII века был образован енисейский разряд.
Государственная власть ввела специфическую для Сибири систему приказничьего управления сельскими округами. Приказчик как представитель воеводского управления осуществлял административно-хозяйственный надзор над деревней. Надзор за несением тягла также обеспечивали представители сельских миров и старосты, ежегодно избираемые крестьянами в составе штата общинного управления; целовальники, отвечавшие за таможенные сборы; житничьи, обеспечивающие сбор оброчного хлеба и средств на мирские расходы; мельничьи, собиравшие деньги на помол зерна; полевые, наблюдавшие под управлением приказчика за состоянием общинных полей; десятники, непосредственные помощники старосты.
