По гипотезе доминирования гетерозис обусловлен накоплением и суммированием действия полезных доминантных нёаллельных генов, имеющихся у каждого родителя. Под влиянием отбора благоприятные гены становятся доминантными и полудоминантными, а неблагоприятные — рецессивными. Гипотеза доминирования связывает гетерозис с тремя эффектами доминантных генов — подавляющим действием на вредные рецессивные аллели, аддитивным эффектом и эпистазом. Исчезновение гетерозиса в последующих генерациях считается неизбежным, так как при образовании половых клеток у гибридных родителей хромосомы с этими генами оказываются в разных дочерних клетках.
По гипотезе сверхдоминированиявнутриаллельные комплементарные взаимодействия генов приводят к повышенному развитию признака. Происходит это в силу того, что каждый аллельный ген выполняет в процессе биохимического синтеза функции, несколько отличающиеся от функций гомологичного гена, в гетерозиготе это различие обусловливает взаимодополняющий (комплементарный) эффект. Эту точку зрения отстаивал проф. Д. А. Кисловский. Важным свидетельством в пользу данной гипотезы служит так называемый моногибридный гетерозис. Д. К- Беляев установил моногибридный гетерозис у одомашненных норок. Гетерозиготные по генам алеутской и серебро-голубой окрасок норки отличаются более высокой плодовитостью и более жизнеспособным потомством, чем норки, гомоз иготные по доминантным аллелям этих генов.
Гипотеза гетерозиготности и сверхдоминирования дает приемлемое объяснение гетерозисному эффекту при четырехлинейной гибридизации и сохранению гетерозиса в последующих поколениях при переменном скрещивании. Главное возражение против этой гипотезы заключается в том, что, она не дает детального объяснения причин инбредной депрессии.
Гипотеза генетического балансаобъясняет эффект гетерозиса сложным взаимодействием неаллельньных генов изменением баланса генов при повышении гетерозиготности организмов.
Гипотеза доминирования основана на том, что большинство рецессивных генов отрицательно влияет на организм, поэтому накопление у гетерозиготных особей большего числа доминантных генов положительно влияет на жизнеспособность и продуктивность.
Шелл, Ист и Хейс развивали генетическую гипотезу сверхдоминирования, согласно которой доминантные и рецессивные гены в гетерозиготе выполняют различные функциональные обязанности; совокупное их взаимодействие и приводит к преимуществу гетерозигот над гомозиготами.
