В настоящее время существуют две ведущие организационно-правовые формы государственного управления в этой области: система управления природными ресурсами и система управления их охраной.
Министерство природных ресурсов Российской Федерации — федеральный орган исполнительной власти, проводящий государственную политику в сфере изучения, воспроизводства, использования и охраны природных ресурсов и координирующий деятельность в этой сфере иных федеральных органов исполнительной власти. Оно является государственным органом управления государственным фондом недр, специально уполномоченным государственным органом управления использованием и охраной водного фонда, а также в области охраны окружающей природной среды. Свои полномочия Министерство осуществляет непосредственно или через свои территориальные органы (включая бассейновые). Положение о Министерстве природных ресурсов утверждено Правительством Российской Федерации 17 мая 1997 года.
Министерство природных ресурсов обеспечивает государственную систему лицензирования, пользования недрами и осуществляет лицензирование водопользования; организует государственное геологическое изучение недр территории и континентального шельфа Российской Федерации; обеспечивает воспроизводство минерально-сырьевой базы, рациональное использование и охрану недр; обеспечивает потребности населения и объектов экономики в водных ресурсах; организует эксплуатацию и строительство водохранилищ и других водохозяйственных объектов комплексного назначения; организует осуществление противопаводковых мероприятий и ликвидацию последствий вредного вредного воздействия вод, контролирует целевое использование государственных средств в подведомственной сфере.
Министерство также организует составление и ведение государственного кадастра месторождений полезных ископаемых; выступает государственным заказчиком на проведение строительных работ в области водного хозяйства; организует межрегиональное распределение и перераспределение водных ресурсов, находящихся в федеральной собственности, разрабатывает и осуществляет мероприятия по восстановлению водных объектов, установлению водоохранных зон и соблюдению режима хозяйственной деятельности в них; устанавливает режимы наполнения и сработки водохранилищ, утверждает правила использования водных ресурсов водохранилищ; устанавливает лимиты водопотребления и водоотведения и т.д. Многие свои полномочия Министерство природных ресурсов реализует совместно с Госкомэкологаей, другими федеральными органами исполнительной власти и органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации.
Таким образом, Министерство сочетает функции управления природными ресурсами с функциями по их охране. Основным объектом управления являются государственные фонды недр и вод. Соответственно сейчас Министерство выполняет функции упраздненных комитетов по геологии и использованию недр и по водному хозяйству.
Министерство уполномочено: давать обязательные для исполнения предписания об устранении нарушений установленного режима пользования водными объектами и недрами; прекращать, приостанавливать или ограничивать пользование участками недр и водными объектами.
