Монастырь Сакья находился под контролем аристократического клана Кхон, из которого выходили иерархи этой школы. Сакья не требовала от лам давать обет безбрачия, однако было необходимо прекратить отношения с женщинами сразу после появления наследника. В основном иерархи Сакья принимали монашеские обеты, поэтому сан настоятеля и держателя линии передавался в пределах клана Кхон от дяди к племяннику.
В основе школы Сакья лежит учение индийского махасиддхи Вирупы, установившего принцип «плод — результат», согласно которому цель пути реализуется в процессе прохождения по нему. Очень большое значение в Сакья придавали практике йоги промежуточного состояния (бардо). Философские воззрения этой школы можно описать как синтез умеренной мадхьямики и йогачары. Центральной тантрой Сакья является «Хеваджра-тантра».
Представители Сакья прославились своей ученостью и оставили множество сочинений о всевозможных аспектах буддизма, но не только: эта школа известна в первую очередь своей активностью на политическом поприще. Сакьяпинцы предприняли немало попыток (весьма успешных) объединения Тибета и создания единого теократического государства. В этом отношении иерархов Сакья можно считать непосредственными предшественниками гелугпинцев. Успеху сакьяпинцев способствовали, прежде всего, их тесные взаимоотношения с монгольской императорской династией Юань в Китае.
В 1247 г. Кунга Гьялцен, названный за свои знания Сакья Пандитой, встретился с монгольским принцем Годаном в его лагере вблизи озера Кукунор в севером Тибете, на северо-западе Китая.
Годан попросил Ламу учить его народ, и, поскольку Сакья Пандита был наиболее влиятельным политическим лидером Тибета, он понимал, что привести свою страну под власть монголов означало спасти ее от опустошительного нашествия.
Несмотря на свою роль в истории, тибетцы, прежде всего, считают Сакья Пандиту достигшим совершенства духовным мастером, ученым и писателем. Среди книг, принадлежащих его перу — "Сакья Леше" (русс. "Сокровищница устных наставлений", англ. "The Sakya Lekshe as Ordinary Wisdom: Sakya Pandita's treasury of good advice"), наставление по правильному образу жизни для мирян, ставшая неувядающей классикой, образчиком элегантности тибетской прозы. Сакья Пандита стал духовным наставником монгольского вождя.
Спустя несколько лет, в 1251 г., принц Годан назначил 17-летнего племянника Сакья Пандиты, Пагпу, монгольским наместником Тибета. Будучи знаменитой фигурой в истории страны, Пагпу прославился своей религиозной терпимостью. Позднее, когда Хубилай-Хан стал Великим Ханом, он попросил Пагпу создать алфавит для своей евразийской империи, простиравшейся от России до южного Китая. Он также предложил Пагпе присоединить все школы тибетского буддизма к Сакья. Тибетский историк Цепен В.Д. Шакабпа пишет: "Пагпа настоял на том, чтобы другим школам было дозволено практиковать буддизм привычным для них способом. Это принесло ему поддержку со стороны множества тибетских духовных лидеров; однако присутствие разных религиозных школ внутри Тибета впоследствии ослабило силу правящей династии Сакья". Больше ста лет ламы Сакья правили Тибетом в качестве представителей монголов, пока на смену им не пришли последователи Карма Кагью.
