Механізм користування землями водного фонду, виконання комплексу водоохоронних заходів і проведення експлуатаційних робіт для створення сприятливих умов утримання цих земель визначено у Порядку користування землями водного фонду, затв. постановою Кабінету Міністрів України від 13 травня 1996 р, № 502. Землі водного фонду можуть використовуватися землекористувачами на праві власності, праві постійного користування і на умовах оренди.
Згідно з ч. 1 ст. 59 ЗК землі водного фонду можуть знаходитися у державній, комунальній і приватній власності. У ст. 5 ВК здійснена конкретизація водних об'єктів загальнодержавного і місцевого значення. Такий поділ водних об'єктів обумовлює особливості правового регулювання їх використання та охорони.
До водних об'єктів загальнодержавного значення належать: внутрішні морські води, територіальне море, поверхневі води (озера, водосховища, річки, канали), що знаходяться і використовуються на території більш як однієї області, а також їх притоки всіх порядків; водні об'єкти в межах природно-заповідного фонду загальнодержавного значення і водні об'єкти, віднесені до категорії лікувальних.
До водних об'єктів місцевого значення відносяться поверхневі води, що знаходяться і використовуються в межах однієї області І не віднесені до категорії загальнодержавного значення, а також підземні води, які не можуть бути джерелом централізованого водопостачання. На території України налічується 277 таких об'єктів. Перелік річок і водойм, що віднесені до водних об'єктів місцевого значення, затверджений наказом Держводгоспу України від 3 червня 1997 р. № 41.
У державній власності знаходяться землі водного фонду, зайняті водними об'єктами загальнодержавного значення, та прилеглі до них, що задовольняють державні та суспільні потреби. У комунальній власності можуть знаходитися землі, зайняті водними об'єктами місцевого значення, і землі прилеглі до них, що задовольняють суспільні потреби.
Землі водного фонду можуть використовуватися землекористувачами на праві постійного користування. Відповідно по ч. 3 ст. 59 ЗК у постійне користування такі землі можуть надаватися за рішенням органів виконавчої влади або місцевого самоврядування лише державним водогосподарським організаціям для догляду за водними об'єктами, прибережними захисними смугами, смугами відведення, береговими смугами водних шляхів, гідротехнічними спорудами тощо. Отже законодавець обмежує коло суб'єктів права постійного користування зазначеною категорією земель як за формами власності, так і за цілями використання.
Використання земельних ділянок водного фонду для рибальства здійснюється за згодою їх власників або за погодженням із землекористувачами, Користування такими ділянками має здійснюватись з додержанням вимог щодо охорони річок і водойм від забруднення, засмічення, замулення, а також державних норм, правил і санітарних вимог.
