Органи управління у галузі використання та охорони земель мають розгалужену систему, яка діє у межах повноважень, визначених земельним та іншими галузями права України. Зазначена система функціонує як єдиний взаємопов'язаний механізм.
Систему органів управління та охорони земель поділяють на два види: органи загальної компетенції та органи спеціальної компетенції. Особливістю управління у галузі використання та охорони земель органами загальної компетенції є те, що вони здійснюють зазначену діяльність і разом з тим вирішують інші завдання, віднесені до їхньої компетенції, - розвиток економіки, соціальної сфери, національної безпеки та оборони тощо. На відміну від них, для органів спеціальної компетенції управління у галузі використання та охорони земель є головним або одним з головних напрямів їхньої діяльності.
До системи органів загальної компетенції, які здійснюють управління у галузі використання та охорони земель, належать: Верховна Рада України, Верховна Рада Автономної Республіки Крим, Кабінет Міністрів України, Рада міністрів Автономної Республіки Крим, органи місцевого самоврядування, місцеві органи виконавчої влади.
Систему органів управління спеціальної компетенції у даній сфері становлять: Міністерство екології та природних ресурсів України, Держземагентство.
Серед повноважень Міністерства екології та природних ресурсів України як центрального органу виконавчої влади з питань екології та природних ресурсів у галузі земельних відносин ст. 14 ЗК України виділяє: участь у розробці та реалізації загальнодержавних і регіональних програм використання та охорони земель; організація моніторингу земель; участь у розробці нормативних документів у галузі охорони земель та відтворення родючості ґрунтів; здійснення державної екологічної експертизи землекористування; внесення пропозицій щодо формування державної політики у галузі охорони та раціонального використання земель; міжнародне співробітництво з питань охорони земель тощо.
Повноваження Держземагентства (витяг з ПОЛОЖЕННЯ про Державне агентство земельних ресурсів України затв. Указом Президента України від 8 квітня 2011 року №445): реалізацію державну політики у сфері земельних відносин, розробляє та подає для затвердження Міністру план заходів щодо реалізації основних напрямів та стратегічних цілей діяльності Держземагентства України; вносить у встановленому порядку пропозиції щодо розпорядження землями державної та комунальної власності, встановлення меж області, району, міста, району в місті, села і селища, регулювання земельних відносин; бере участь у розробленні та виконанні державних, галузевих, регіональних та місцевих програм з питань регулювання земельних відносин, раціонального використання земель, їх відтворення та охорони, встановлення меж області, району, міста, району в місті, села і селища, у проведенні моніторингу земель, веденні та адмініструванні державного земельного кадастру і територіальному плануванні; бере участь за погодженням із Міністром у підготовці міжнародних договорів, вносить пропозиції щодо їх укладення та денонсації, укладає в межах своїх повноважень такі договори у сфері земельних відносин, використання та охорони земель....
