Процедура проведення екологічної експертизи передбачає вирішення еколого-експертними органами чи формуваннями завдань експертного дослідження і оцінку об'єктів екологічної експертизи, підготовку обгрунтованого об'єктивного еколого-експертного висновку. Процедура проведення екологічної експертизи передбачає: 1) перевірку наявності та повноти необхідних матеріалів і реквізитів на об'єкти екологічної експертизи та створення еколого-експертних комісій (груп) відповідно до вимог законодавства (підготовча стадія); 2) аналітичне опрацювання матеріалів екологічної експертизи, в разі необхідності натурні обстеження і проведення на їх основі порівняльного аналізу і часткових оцінок ступеня екологічної безпеки, достатності та ефективності екологічних обгрунтувань діяльності об'єктів екологічної експертизи (основна стадія);
3) узагальнення окремих експертних досліджень одержаної інформації та наслідків діяльності об'єктів експертизи, підготовку висновку екологічної експертизи та подання його заінтересованим органам і особам (заключна стадія). Державна екологічна експертиза проводиться у разі: 1) наявної або можливої потенційної небезпеки об'єктів екологічної експертизи для навколишнього природного середовища; 2) прийняття відповідного рішення Кабінетом Міністрів України, Урядом Автономної Республіки Крим, місцевими Радами чи їх виконавчими комітетами, судом та правоохоронними органами відповідно до законодавства; 3) обумовленості загальнодержавними екологічними інтересами.
Державна екологічна експертиза видів діяльності та об'єктів, що становлять підвищену екологічну небезпеку, проводиться після оголошення замовником через засоби масової інформації Заяви про екологічні наслідки діяльності і подання еколого-експертним органам комплекту документів з обгрунтуванням оцінки впливу на навколишнє природне середовище. Порядок передачі документації на державну екологічну експертизу визначається Кабінетом Міністрів України. Державна екологічна експертиза проводиться шляхом: 1) аналізу і оцінки об'єктів екологічної експертизи - групами спеціалістів еколого-експертних підрозділів чи спеціалізованих установ і організацій органів спеціально уповноваженого центрального органу виконавчої влади з питань екології та природних ресурсів; 2) еколого-експертних досліджень і оцінки об'єктів екологічної експертизи - спеціально створюваними комісіями із залученням фахівців-практиків та науковців інших підприємств, установ і організацій;3) створення спеціально уповноваженим центральним органом виконавчої влади з питань екології та природних ресурсів спільно з іншими органами державної виконавчої влади міжгалузевих експертних комісій; 4) залучення на договірних засадах інших спеціалізованих організацій для попереднього експертного розгляду та підготовки відповідних пропозицій. Граничні строки проведення державної екологічної експертизи об'єктів: 1) групами спеціалістів еколого-експертних підрозділів, установ чи організацій спеціально уповноваженого центрального органу виконавчої влади з питань екології та природних ресурсів - до 45 календарних днів з продовженням у разі потреби до 60 днів, а у виняткових випадках, залежно від складності проблеми - до 120 днів; 2) спеціально створеними міжгалузевими еколого-експертними комісіями чи іншими спеціалізованими організаціями - до 90 календарних днів; 3) за доопрацьованими матеріалами відповідно до висновків попередньої екологічної експертизи - до 30 календарних днів.
Початком державної екологічної експертизи вважається день подання еколого-експертному органу комплекту необхідних матеріалів і документів, а у разі необхідності - і додаткової науково-дослідної інформації з тих питань, що виникли під час проведення експертизи.
