У 30 - 40-і рр.. XX століття на основі нових тоді структурних методів дослідж. мови та вчення І. А. Бодуена де Куртене про фонемі склалася фонологічна теорія. Новий напрямок отримало назву Московської фонологічної школи. Школа радянської лінгвістики склалася в 1930-і роки, коли більшість її засновників працювали в Науково-дослідному інституті МЗ-ва при Наркоматі освіти, а потім у Московському міському педагогічному інституті. Засновниками Московської фонологічної школи були Р. І. Аванесов (1902-1982), П. С. Кузнєцов, А. А. Реформатський, В. М. Сидоров (1899-1968) і А. М. Сухотін (1888 -1942). Ідеї МФШ формувалися у тісному спілкуванні її учасників один з одним, і тому розмежувати авторство тих чи інш положень найчастіше нелегко. Значний внесок в концепцію школи внесли мало публікувалися Сидоров та Сухотін. За поглядами до МФШ були близькі Г. О. Винокур та О. І. Смирницький. В кінці 1940-х років від МФШ відійшов Аванесов, що запропонував концепцію, сформульовану ним у книзі Фонетика сучасної російської літературної мови (1956). Ідеї МФШ знайшли продовження в роботах фонології наступного покоління, в основному учнів засновників школи (М. В. Панов, Вал.Вас.Іванов, В. К. Журавльов та ін.) Представники МФШ були виховані у традиціях Московської формальної (фортунатовской) школи, майже всі її засновники (крім Сухотина) були учнями Д. Н. Ушакова. На формування школи вплинули також фонологічні ідеї М. Ф. Яковлєва та лінгвістів Празького лінгвістичного гуртка, особливо М. Трубецького і Р. Якобсона. засновники школи відкидали психологічний підхід до фонемі і трактували фонему як мінімальну смислоразлічітельную одиницю, що дозволяє розрізняти значимі одиниці мови - морфеми і слова. Фонема- це основна одиниця фонологічної ярусу мови, лінійно нечленіма на частини, але складна за своїм устроєм і включає безліч ознак, наприклад, російська фонема т одночасно є глухою, твердої, переднеязичних і т.д. На відміну від Якобсона, представники МФШ вважали за необхідне враховувати не тільки диференціальні ознаки, що протиставляють фонему інш фонемам, але і так звані інтегральні ознаки, не пов'язані з протиставленнями; наприклад, у російській год м'якість не є диференціальною ознакою (твердого год в російській мові немає навіть фонетично, а тим більше протиставленого м'якому), але в ряді чергувань год веде себе аналогічно інш м'яким; в ході історичного розв-ку мови інтегральні ознаки можуть ставати диференціальними і навпаки. Найважливішою характ.истикою фонеми, згідно МФШ, є позиція, тобто умови вживання і реалізації фонем у мовленні. У залежності від позиції фонеми можуть змінюватись, причому межі позиційного варіювання фонем у МФШ, на відміну від ряду інш фонологічних шкіл, не обмежуються. Розмежовуються варіації фонем, які не впливають на функцію смислоразліченія, наприклад, різні відтінки а в словах мат, мати, мят, м'яти, і варіанти фонем, що впливають на цю функцію. Позиції максимального розрізнення фонем (в російській мові це ударна позиція для голосних і інтервокальному, тобто позиція між голосними, для приголосних) називаються сильними, а позиції, де фонеми можуть частково збігатися, - слабкими. звуки, що займають одне і те ж місце в морфемах і словах є варіантами однієї фонеми незалежно від того, наскільки сильно вони розрізняються фонетично. У цьому був головний пункт розбіжностей МФШ з Ленінградської фонологічної школою, розуміючою фонему як звукотипи, сукупність фонетично подібних звуків; Одиниця, іменована фонемой в МФШ, в ряді фонологічних концепцією називається морфонемой; в МФШ останній термін відкидався як зайву. Бувають випадки, коли фонема у складі морфеми вживається тільки в слабкій позиції, наприклад перша голосна в слові собака. У такому випадку виділяється особлива одиниця, іменована МФШ гіперфонеми (термін запропонований Сидоровим). У гіперфонеми частково нейтралізуються фонемний протиставлення, наприклад, у першому складі слова собака є гіперфонема а / о. Для МФШ властиве прагнення до строго системному вивченню фонології, при якому фонеми розглядаються у протиставленні один одному. Ці принципи її представники переносили і на історичну фонологію, якої багато хто з них також активно займалися; особливо це відноситься до Кузнєцову і Аванесов. Ідеї МФШ в основному застосовувалися до опису російської мови, але ряд робіт її представників присвячений і інш мовам: французької, сербсько-хорватської, тюркським мовам та ін Деякі лінгвісти МФШ, особливо Реформатський, активно брали участь у конструюванні алфавітів для мов народів СРСР і в розробці орфографічних правил для російської мови; ці області надавали їм можливість для практичного застосування своїх фонологічних ідей. Хоча лінгвісти МФШ до кінця 1950-х років уникали терміна «структуралізм», ця школа була одним з найбільш послідовних у вітчизняній науці напрямків лінгвістичного структуралізму, близьким до Празького лінгвістичного гуртка.
