Уся викладацька й наукова діяльність Фортунатова була пов’язана з Московським університетом, у якому навчався і працював. Після закінчення університету він продовжував вивчати порівняльно-історичну граматику індоєвропейських мов, санскрит, палі, литовські рукописи в наукових центрах Німеччини, Франції й Англії. У 1875 р. захистив магістерську працю з санскриту. З 1876 до 1902 р. викладав у Московському університеті загальне МЗ-во, порівняльну граматику індоєвропейських мов, старослов’янську, литовську, давньоіндійську й готську мови. Друкувався мало. Свої ідеї розвивав переважно в лекційних курсах. Після смерті, в 1956—1957 рр., вийшов двотомник його праць. Згідно з традиціями молодограматизму предметом МЗ-ва Фортунатов вважав мову в її історичному аспекті й підходив до її вив-ня психологічно й історично. Однак він не заперечував корисності синхронічного підходу до вив-ня мови, особливо стосовно питань загальних основ граматики. Вивчав проблеми звукових змін, у фонетичних процесах намагався виявити загальні закономірності. На противагу молодограматикам, які перебували на індивідуально-психологічних позиціях, наголошував на суспільному характ.і мови й зв’язку її історії з історією суспільства. Слово Фортунатов досліджував у двох аспектах — лексикологічному й граматичному, сформулював поняття нульової флексії, розмежував етимологію й морфологію. Встановив історичні епохи палаталізації задньоязикових [ґ], [к], [х] перед голосними переднього ряду, відкрив закон про рух наголосу в балто-слов’янських мовах і закон про акцентні відношення в індоєвропейських мовах. Створена Фортунатовим школа отримала назву формальної, оскільки особливу увагу він приділяв формі мовних одиниць. Учення про граматичну форму посідає провідне місце в концепції мовознавця. Граматичну форму слова він розуміє вузько морфологічно, як членування слова на основу й закінчення. Таке розуміння форми слова випереджало системний підхід до морфології в структурній лінгвістиці. До виділення частин мови у Фортунатова був суто формальний підхід. Частини мови — це розряди слів, які групуються за формальними ознаками. Так, до одного розряду він відносив слова писал і зелен, оскільки вони змінюються за родами, але не за відмінками, а слова депо, писать, хорошо, ах об’єднував в один клас як такі, що не змінюються. Основною синтаксичною одиницею мови Фортунатов уважав словосполучення, а не речення. Предметом синтаксису в його концепції є форми словосполучень. Фортунатов по-новому трактував лише граматичну теорію, а до загальних проблем МЗ-ва він підходив, як молодограматики. Його школа відзначалась прагненням до наукової строгості та несуперечливості дослідж.. Фортунатов виховав цілу когорту відомих МЗ-ців. Його учнями були О. О. Шахматов, В. К. Поржезинський, М. М. Дурново, Д. М. Ушаков, О. М. Пєшковський, М. М. Покровський, М. М. Петерсон, норвежець О. Брок, датчанин X. Педерсен, німець Е. Бернекер, швед Т. Торнб’єрнсон, француз П. Буайє, серб О. Бєлич, румун Й. Богдан та ін. І це не випадково, бо, як зазначив Шахматов, Фортунатов «йшов попереду німецької лінгвістичної науки», яка перебувала на провідних позиціях. А славетний датський структураліст Луї Єльмслев заявив, що Фортунатова можна вважати родоначальником структуралізму, бо його школа «підійшла найближе до практичної реалізації цих (структуралістських — М. К.) ідей».
