Суходольные и заливные луга степных и лесостепных районов используют в качестве пастбищ и сенокосов. Особенно выделяются по своим кормовым качествам злаково-разнотравные луга междуречий и злаковые пойменные луга с производительностью от 20 до 70 ц зеленой массы с гектара.
Большая часть области занята горными лесами. Во влажных ее районах преобладает густая черневая тайга из пихты и осины, местами с примесью кедра и березы. Подлесок обычно образован крупными кустами черемухи, рябины, желтой акации и калины. На полянах развиты пышные высокотравные луга, напоминающие алтайское большетравье.
Среди растений черневой тайги встречаются виды, типичные для широколиственных лесов Русской равнины или Дальнего Востока, но не свойственные сибирской тайге, например липа (Tilia sibirica), копытень (Asarum europaeum), ясменник (Asperula odorata), гигантская овсяница (Festuca gigantea) и др. Все они являются, вероятно, реликтами широколиственных лесов, существовавших в Кузнецком Алатау в неогене.
На окраинах Кузнецкого Алатау, Горной Шории и Салаира, вблизи густонаселенных районов Кузнецкой котловины, более обычны вторичные березовые и березово-осиновые леса, возникшие на месте уничтоженной черневой тайги. Для этих лесов характерен кустарниковый ярус из спиреи, шиповника, кизильника (Cotoneaster melanocarpa) и густой травостой, в котором преобладают лугово-лесные виды.
В обильно увлажненных участках, на высоте от 800 до 1300 м, черневые леса сменяются сырой темнохвойной тайгой из пихты и кедра. Подлесок и травянистый ярус здесь выражены слабо; в отличие от «черни», развит почти сплошной мохово-лишайниковый покров, и встречаются такие типично таежные растения, как черника, брусника, багульник, грушанка, линнея. В менее увлажненных отрогах восточного склона Кузнецкого Алатау, на высоте 850—1200 м, на дерново-подзолистых почвах растут лиственничные или сосново-лиственничные леса с густым травянистым покровом.
Вблизи верхнего предела горно-лесного пояса, который на севере Кузнецкого Алатау расположен на высоте 1000—1200 м, а на юге поднимается до 1400—1500 м, лежит полоса труднопроходимых зарослей стланиковых кедра и пихты. Высокогорные ландшафты занимают незначительные участки только в высокой южной половине Кузнецкого Алатау. Особенно типичны для них горные мохово-лишайниковые и кустарниковые тундры, а также почти лишенные растительности крупноглыбовые россыпи; альпийских и субальпийских лугов здесь сравнительно немного.