области заметно отличается от климата соседних горных территорий. Лето здесь несколько теплее (средняя температура июля в Кузнецкой котловине 18—19°), осадков выпадает больше, и они распределяются по сезонам года более равномерно (на зиму приходится до 30—35% годового количества). Поэтому мощность снежного покрова довольно значительна и вечная мерзлота отсутствует даже в высокогорных районах.
Повсюду наиболее увлажнены западные склоны хребтов. В Салаирском кряже количество осадков на 25—30% больше, чем в соседних равнинных районах; в Горной Шории и на западном склоне Кузнецкого Алатау выпадает 600—800 мм осадков, а в отдельных местах — более 1500 мм. Лежащие же в «дождевой тени» восточные склоны гор получают осадков гораздо меньше (400 - 500 мм).