Структурно Министерство юстиции РФ состоит из управлений (департаментов) и отделов, каждый из которых возглавляет работу по одному из направлений деятельности министерства:
- Управление систематизации законодательства,
- Управление организационно-правового обеспечения юридической помощи,
- Управление регистрации ведомственных нормативных актов,
- Управление экспертных учреждений,
- Отдел судебной практики и др.
В качестве самостоятельного структурного подразделения в состав Министерства юстиции РФ входит центральный орган уголовно-исполнительной системы. Руководство подразделениями осуществляют начальники, назначаемые Министром.
Министерство юстиции возглавляет входящий в состав Правительства Российской Федерации министр юстиции Российской Федерации.
Министр имеет десять заместителей, в том числе двух первых заместителей, статс-секретаря – первого заместителя министра и заместителя министра – главного судебного пристава РФ. Заместители министра назначаются на должность и освобождаются от нее Президентом РФ по представлению Председателя Правительства РФ. Министр осуществляет общее руководство деятельностью министерства и его органов на основе единоначалия и несет персональную ответственность за выполнение задач, возлагаемых на министерство, а также имеет целый ряд других полномочий, предусмотренных законодательством РФ.
Согласно Указу Президента Российской Федерации от 9 марта 2004 г. № 314 "О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти", Министерство юстиции РФ имеет в своем ведении
- Федеральную службу исполнения наказаний, (является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим правоприменительные функции, функции по контролю и надзору в сфере исполнения уголовных наказаний в отношении осужденных, функции по содержанию лиц, подозреваемых либо обвиняемых в совершении преступлений, и подсудимых, находящихся под стражей, их охране и конвоированию, а также функции по контролю за поведением условно осужденных и осужденных, которым судом предоставлена отсрочка отбывания наказания)
- Федеральную регистрационную службу,
- Федеральную службу судебных приставов(является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по обеспечению установленного порядка деятельности судов, исполнению судебных актов и актов других органов ).
В структуре центрального аппарата Министерства юстиции РФ могут выделяться департаменты, управления и отделы.
В ведении непосредственно министра юстиции РФ находятся Департамент управления и Центр общественных связей; Управление собственной безопасности; Управление по контролю за соблюдением законности и прав человека в деятельности учреждений уголовно-исполнительной системы Министерства юстиции РФ.
К ведению двух первых заместителей министра юстиции РФ относятся Департамент регистрации и контроля за ведомственными нормативными актами и Управление конституционного законодательства; Департамент экономического законодательства и Департамент по вопросам государственной регистрации прав на недвижимое имущество и юридических лиц; Департамент делопроизводства и Организационно-контрольное управление.
В настоящее время в соответствии с приказами Минюста РФ образованы федеральные управления Министерства юстиции РФ по федеральным округам. Федеральные управления возглавляют начальники, назначаемые на должность и освобождаемые от должности министром юстиции Российской Федерации по согласованию с полномочным представителем Президента Российской Федерации в соответствующем федеральном округе.
