С момента образования Европейский Сообществ, а ныне Союза в целом функционируют наднациональные органы правосудия, осуществляющие независимо от других институтов судебную власть и вырабатывающие новые юридические правовые нормы – прецедентное право Европейского Союза. Эти органы в совокупности выступают как единая судебная система, состоящая из трёх звеньев:
1) высшее звено – Суд;
2) следующее звено – Трибунал первой инстанции;
3) суды специальной юрисдикции, специализированные трибуналы, рассматривающие строго определённые категории правовых споров – специализированные трибуналы.
В состав Суда входят 27 судей и восемь генеральных адвокатов, назначаемых правительствами государств-членов по общему согласию. Судьей Суда может стать лицо, чья независимость не вызывает сомнения, и которое обладает квалификацией, необходимой для замещения судейских должностей в своих странах, или является юристом с общепризнанной компетентностью. Судьи назначаются на шесть лет при частичной ротации состава каждые три года. Ниццкий договор дополнительно предусматривает, что в состав Суда входят по одному, а в состав Трибунала – не менее чем по одному судье от каждого государства – члена. В настоящее время правило "одно государство – один судья" соблюдается в силу обычая.
Во внутренней организации Суда ведущую роль играет Председатель Суда. Председатель Суда избирается судьями Суда из своего состава на три года, однако может переизбираться неограниченное число раз. Председатель не только осуществляет руководство деятельностью Суда и ведает административными и техническими вопросами, но и обладает рядом прерогатив в области судебной процедуры: ведение пленарных заседаний (пленума), распределение дел между судебными палатами и др. Также важным полномочием Председателя является право приостанавливать исполнение оспариваемых актов органов Европейского Союза в качестве меры по обеспечению иска.
Координацией деятельности генеральных адвокатов занимается Первый генеральный адвокат, избираемый судьями на один год. Роль генеральных адвокатов состоит в том, чтобы "публично, полностью беспристрастно и независимо представлять мотивированные заключения по делам, которые в соответствии со Статусом Суда требуют его участия" (ст.222 Договора об учреждении ЕС).
Большое значение для структуры Суда имеют формы заседаний. Большинство дел рассматривается в палатах в составе трёх и пяти судей. В случае большой важности дела или по требованию государств-членов или институтов Союза, если они являются сторонами, рассмотрение дела может проходить в рамках Большой палаты, своеобразного президиума, состоящего из 13 судей, в том числе Председателя Суда и председателей палат. Рассмотрение дел "исключительной важности", а также дел об отрешении от должности несменяемых должностных лиц осуществляется пленумом Суда (т.е. собранием всех судей).
Также в Суде есть свой аппарат и руководящий им секретарь, обеспечивающий приём, получение и передачу процессуальных документов, а также ведение протокола и опубликование решений Суда.
