22 июня 1941 г. Германия начала войну против СССР, целью которой было полное уничтожение как государства СССР, так и ее народов. Развернулась борьба за перестройку всей жизни страны на военный лад, за укрепление Красной Армии и обороны.
Основной функцией Советского государства стала организация ведения войны, все остальные функции являлись вспомогательными. Страна превратилась в единый военный лагерь. Все народное хозяйство было перестроено для удовлетворения нужд фронта и обороны.
Война стала серьезной проверкой на состоятельность советской системы в управлении государством и организации советского общества, показала эффективность работы государственного аппарата, оправданность плановой системы хозяйствования, идеологическую и социальную устойчивость советского государства, подтвердила право СССР на мировое признание.
Коммунистическая партия и государство предписывали партийным и советским органам принимать меры, направленные на укрепление общественной, государственной, военной и трудовой дисциплины, мобилизовывать все силы на разгром врага. Данный призыв содержался в Указе «О военном положении», принятом Президиумом Верховного Совета СССР 22 июня 1941 г.
Перестройка государственного аппарата была направлена на усиление роли центральных органов власти и управления, упрощение системы государственных органов, сокращение штатов. В условиях войны продолжали действовать созданные ранее общесоюзные, республиканские и местные органы власти и управления. На послевоенное время были перенесены выборы в ВС СССР.
Создавались чрезвычайные органы: Государственный Комитет Обороны СССР (ГКО), руководимый И.В. Сталиным, сосредоточил всю полноту власти в государстве, его постановления имели силу законов военного времени. ГКО не имел своего аппарата, а использовал аппарат СНК СССР и ЦК ВКП(б). На местах создавались городские комитеты обороны.
При СНК СССР были созданы: Совет по эвакуации - руководил эвакуацией промышленности; снабжением народного хозяйства занимались Главснабнефть, Главснабуголь, Главснаблес и т. д.; Управление по эвакуации населения; Комитет по учету и распределению рабочей силы; Управление по гособеспечению и бытовому устройству семей военнослужащих; Совинформбюро - проводило информационно-пропагандистскую работу.
Для руководства вооруженными силами была создана Ставка Верховного Главнокомандования.