Микрофлора пищевода представлена немногочисленными транзиторными микробами, попадающими с пищей.
Микрофлора желудка скудна из-за антимикробного действия желудочного сока (его рН=1-2): преобладают аэробы - дрожжи, сардины, лактобактерии, энтерококки.
Микрофлора тонкого кишечника. Двенадцатиперстная кишка и верхние отделы тонкого кишечника практически стерильны из-за бактерицидного действия желчи, желудочного сока, секретов поджелудочной железы. В нижних отделах в небольшом количестве содержатся: лактобактерии, энтерококки, дрожжи, эшерихии.
Микрофлора толстого кишечника наиболее многочисленна и разнообразна, она составляет около 2,0 кг массы (в 1 г - до 40 млрд. микробов, относящихся к 450 видам). Соотношение анаэробов и аэробов - 10:1. Среди анаэробов преобладают бифидобактерии и бактероиды. Многочисленны также лактобактерии, энтерококки и эшерихии. В небольших количествах встречаются кокки, клостридии, другие энтеробактерии, грибы Candida.
