Спектр возбудителей внутрибольничных инфекции охватывает вирусы, бактерии, грибы и простейших. Он представлен наиболее вирулентными госпитальными штаммами. Ежегодно их число увеличивается, преимущественно за счёт условно-патогенных микроорганизмов. Основные возбудители бактериальных инфекций – стафилококки, пневмококки, грамотрицательные энтеробактерии, псевдомонады и анаэробы. Ведущую роль играют стафилококки (до 60% всех случаев внутрибольничных инфекции), грамотрицательные бактерии, респираторные вирусы и грибы рода Candida. Наиболее распространенное, стабильное и выраженное проявление эволюции возбудителей ВБИ — формирование в больничных стационарах госпитальных (больничных, нозокомиальных, эпидемических) штаммов условно-патогенных бактерий. При изучении по комплексу признаков госпитальных и внегоспитальных штаммов различных видов стафилококков, энтеробактерий и неферментирующих грамотрицательных бактерий выявлено, что госпитальные штаммы по сравнению с внегоспитальными обладали более высокой колонизабельностью, гетерогенностью, вирулентностью, частотой, уровнем и спектром устойчивости к антибиотикам, сниженной чувствительностью к антисептикам и дезинфектантам, составам фаго-, серо- и резистенсваров, высокой частотой и широким спектром антагонистической активности, низкой чувствительностью к микробам-антагонистам