Возникшее под эгидой Москвы государство потребовало качественно новой, централизованной системы управления. Поэтому в середине XVI в. вместо территориальной вводится функциональная (вертикальная) система управления − создаются приказы. В старинных органах дворцового управления − Большом дворце и Казне − начали образовываться особые ведомственные «столы», управляемые дьяками. Затем они превратились в приказы, когда определенная группа вопросов стала поручаться («приказываться») какому-либо боярину, вокруг которого складывался постоянный штат дьяков и подьячих. Были сформированы Разрядный, Поместный, Посольский, Челобитный и др. приказы, первоначально - около 20 приказов.

Приказная система являлась характерной феодальной формой организации государственного управления. В ее основе лежали принципы неразделенности судебной и административной власти. Границы деятельности приказов нередко бывали весьма противоречивыми. Были территориальные приказы − «четы», ведавшие всеми делами на определенной территории.

В административном отношении страна делилась на уезды, а они, в свою очередь, подразделялись на станы, станы − на волости, а иногда наоборот. Власть в уезде принадлежала наместнику.  Властные полномочия в волости осуществлял волостель. За выполнение судебно-административных функций наместники и волостели собирали с подвластного и подсудного населения в свою пользу «корм». Возникло нечто вроде феодальной автономии отдельных земель с той разницей, что во главе их стоял не местный князь, а московский наместник.

В феврале 1549 г. был созван первый Земский собор из членов Боярской Думы, представителей духовенства и служилых людей - cвидетельство создания сословно-представительного учреждения и превращения России в сословно-представительную монархию. Земские соборы не ограничивали власть царя, носили совещательный характер, однако, позволяли ей лавировать между дворянством и боярством. В сравнении с аналогичными представительными учреждениями на Западе, Земские соборы в России играли менее значительную роль и возникли позднее. Право их созыва принадлежало царю, решения, принятые Земскими соборами, не были обязательными для самодержавной власти.

Сословно-представительные учреждения (земские и губные избы) создавались и на местах. В 50-х гг. XVI в. была завершена «губная» реформа. Из ведения наместников и волостей были изъяты дела о «разбоях», совершаемых «лихими людьми». Ими стали ведать губные старосты, избираемые из числа детей боярских. Они опирались на целовальников (тех, кто принес присягу) и губных дьяков, своего рода секретарей.  Губные старосты несколько похожи на мировых судей Англии,rоторые также избирались из мелких землевладельцев, но функции их не ограничивались одними судами. Они издавали указы о бедных, ведали строительством и т. д.

Наряду с губной проводилась земская реформа. Кормленщиков в городах лишили права суда и сбора податей. На их место пришли «излюбленные головы» и целовальники, которые избирались из числа богатых горожан и черносошных крестьян.  В 1556 г. система кормлений была упразднена. Военные вопросы были переданы воеводам. Постепенно они заменили наместников и волостелей.

Высший церковный орган («Освященный собор») в полном составе входил в «верхнюю палату» Земского собора. Духовенство, как особое сословие, наделялось рядом привилегий и льгот.

Со второй половины XVII в., (с утверждения на престоле Алексея Михайловича) в стране начинает утверждаться абсолютная монархия. В отличие от стран Европы, где абсолютизм формировался в условиях развития капиталистических отношений и отмены старых феодальных институтов (особенно крепостного права), в России он совпал с упрочением и расцветом крепостничества. Если социальной базой западноевропейского абсолютизма был союз дворянства с городами, то российский абсолютизм опирался в основном на крепостническое дворянство.

Установление абсолютизма сопровождалось широкой экспансией государства, его вторжением во все сферы общественной, корпоративной и частной жизни, усиления власти монарха. Соборное уложение 1649 г. законода-тельно оформило самодержавную неограниченную и наследственную власть. Прекращалась деятельность Земских соборов. Значительно утратила свою роль Боярская дума. Все большое значение приобретают думные дьяки и  думные  дворяне, т. е. Бюрократия.

Существенные изменения обозначились в системе местного управления. В 1613 г. в 33 городах были назначены воеводы. Воеводское управление постепенно свело на нет местное самоуправление, подчинив его своему контролю.

Сословно-представительные органы − средневековые парламенты − в Англии, Франции возникали оппозиции монархам снизу, от века к веку наращивали свою самостоятельность, независимость. Инициатива созыва Земских соборов в России принадлежала монархам, и они же, добившись упрочнения своей власти, покончили во второй половине  XVII в. с их существованием, не встретив при этом никакого протеста со стороны общества.

Иная ситуация была в России и с церковью. В Европе она представляла определенную оппозицию светской власти, временами даже подчиняла ее своим интересам. В России в силу влияния византийской традиции церковь особо не претендовала на сколько-нибудь серьезное соперничество с властью. Конфликт церкви и государства при Алексее Михайловиче завершился явной победой монарха.