Найпродуктивнішим методом пізнання в науці Ф.Бекон вважав індукцію. Саме індукція дозволяє вченому одержувати нове і перевіряти старе знання. Треба мати на увазі, що середньовічна схоластика схильна до використання протилежного методу - дедукції. Такий метод пізнання широко використовував Аристотель. В той же час Ф.Бекон добре бачить обмеженість звичайної індукції: адже індуктивний вивід завжди має лише ймовірний характер. Аби він набув достовірності, треба повністю ввертати всі можливі випадки, що практично зробити неможливо. Головна вада індукції, на думку Ф.Бекона, полягає в тому, що дослідники зважають лише на ті факти й випадки, які стверджують результат індуктивного узагальнення, ігноруючи ті, що його заперечують. Ф.Бекон вважає, що індукція може привести до достовірних висновків лише після вивчення певної кількості негативних випадків. Негативні інстанції, таким чином, вплітаються в саму тканину наукового пізнання.
Ф. Бекон обстоював дослідний шлях пізнання у науці, закликав до спирання на факти, на експеримент. Він був одним із засновників індуктивного методу пізнання. Це такий шлях наукового пошуку, коли від спостереження одиничних явищ відбувається перехід до формулювання загальних ідей і законів, коли від суджень про окремі факти переходять до загальних суджень про них. Безсумнівна користь такого методу, ефект його застосування полягає, за словами Ф.Бекона, у тому, що він дає нам змогу бачити світ "таким, яким він нам дається, а не таким, як підкаже кожному його мислення".
Виступаючи прибічником емпіричного шляху пізнання, який передбачає живе споглядання, аналіз результатів експерименту, Ф. Бекон підкреслював, що "розум людини повинен органічно поєднувати емпіричні та раціональні підходи в поясненні світу, вони повинні бути з'єднані і пов'язані один з одним" і спрямовані на відкриття внутрішніх причин, сутності, законів світу. Отже, методологічні пошуки привели Ф.Бекона до індуктивного шляху в пізнанні істини.
