Во взглядах Спенсера соединились эволюционизм, принцип laissez faire и концепция философии как обобщения всех наук, а также другие идейные течения его времени. Отсутствие систематического образования и нежелание изучать труды предшественников привели к тому, что Спенсер черпал знания из тех источников, с которыми ему случилось познакомиться.
Ключом к его системе объединенной науки является работа «Основные начала» (First Principles, 1862), в первых главах которой утверждается, что мы ничего не можем знать о последней реальности. Это «непознаваемое» выходит за пределы научного исследования, а религия просто пользуется метафорой, чтобы хоть как-то его представить и иметь возможность поклоняться этой «вещи в себе». Во второй части труда излагается космическая теория эволюции (теория прогресса), которую Спенсер считает универсальным принципом, лежащим в основе всех областей знания и их суммирующим. В 1852, за семь лет до публикации «Происхождения видов» Ч. Дарвина, Спенсер написал статью «Гипотеза развития» (The Development Hypothesis), в которой излагалась идея эволюции, во многом следовавшая теории Ламарка и К. Бэра. Впоследствии Спенсер признал естественный отбор как один из факторов эволюции (он автор термина «выживание наиболее приспособленных»). Отправляясь от фундаментальных законов физики и идеи изменения, Спенсер приходит к пониманию эволюции как «интеграции материи, сопровождаемой рассеянием движения, переводящей материю из неопределенной, бессвязной однородности в определенную, связную разнородность, и производящей параллельно тому преобразование сохраняемого материею движения». Все вещи имеют общее происхождение, но через наследование черт, приобретенных в процессе адаптации к окружающей среде, происходит их дифференциация; когда процесс приспособления заканчивается, возникает связная, упорядоченная Вселенная. В конечном итоге всякая вещь достигает состояния полной адаптированности к своему окружению, однако такое состояние неустойчиво. Поэтому последняя ступень в эволюции -- не что иное, как первая ступень в процессе «рассеяния», за которым, после завершения цикла, вновь следует эволюция.
В традициях позитивистской социологии Спенсер, опираясь на исследования Ч. Дарвина, предложил использовать эволюционную теорию для объяснения социальных изменений. Однако в противоположность Конту он сделал акцент не на том, что изменяется в обществе на разных периодах человеческой истории, а на том, почему происходят социальные перемены и почему в обществе возникают конфликты и катаклизмы. По его мнению, эволюционируют в единстве все элементы Вселенной - неорганические, органические и надорганические (социальные). Социология призвана изучать прежде всего надорганическую эволюцию, которая проявляется в количестве и характере разного рода общественных структур, их функциях, в том, на что собственно нацелена деятельность общества и какие продукты оно производит. В этой связи Спенсер обосновывает постулат, согласно которому изменения происходят в обществе по мере того, как его члены приспосабливаются или к природной среде, или же к среде социальной. В качестве доказательств и обоснованности своего постулата ученый приводит многочисленные примеры зависимости характера человеческой деятельности от географии местности, климатических условий, численности народонаселения и т.д. По Спенсеру, эволюция физических и интеллектуальных способностей членов общества находится во взаимозависимости с эволюцией социальной. Отсюда следует, что качество жизни членов общества, характер экономических и политических институтов зависит, в конечном счете, от "усредненного уровня" развития народа. Поэтому любые попытки искусственно подтолкнуть социальную эволюцию с помощью, например, регулирования спроса и предложения, или радикальных реформ в политической сфере без учета свойств членов, составляющих общество, с точки зрения ученого, должны обернуться катаклизмами и непредсказуемыми последствиями: "Если вы однажды вмешаетесь в естественный порядок природы, - писал он, - то никто не может предсказать конечных результатов. И если это замечание справедливо в царстве природы, то оно еще более справедливо по отношению к социальному организму, состоящему из человеческих существ, соединенных в единое целое".
Эволюция, т. е. «переход от состояния относительной неопределенности, несвязности, однородности к состоянию относительной определенности, связности, многогранности» была для Спенсера универсальным процессом, объясняющим как «самые ранние изменения, которые, как предполагается, испытала вселенная в целом... так и те последние изменения, которые прослеживаются в обществе и в продуктах социальной жизни». Когда используется этот универсальный ключ к загадкам вселенной, становится очевидным, утверждал Спенсер, что эволюция человеческих обществ, не слишком отличаясь от других эволюционных явлений, является особым случаем универсального закона природы. Социология может стать наукой только тогда, когда она основывается на идее природного, эволюционного закона. «Не может быть полного принятия социологии как науки, пока сохраняется убеждение, что социальный порядок не следует закону природы».
