Выделительная система представлена у позвоночных парой почек, т.е. компактными телами, состоящими из трубочек, почечных канальцев. Канальцы каждой почки открываются в специальный выводной проток – мочеточник. Мочеточники тянутся до заднего конца тела, где открываются наружу или в клоаку, общий выводной отдел для пищеварительной, выделительной и репродуктивной систем. Для большинства групп позвоночных характерен мочевой пузырь, связанный с клоакой или непосредственно с мочеточниками.
Развитие почек и взаимосвязь мочевых и половых протоков. Выделительная функция должна выполняться почками, начиная с довольно ранних стадий эмбрионального развития, когда абсолютная величина и доступная сложность организации этих органов далеки от окончательного состояния. Поэтому в ходе индивидуального развития низших позвоночных формирование почек идет двумя волнами (за немногими исключениями). а у высших позвоночных развиваются почки трёх поколений. Первая называется предпочкой, пронефросом, или головной почкой. Её канальцы появются по одному на сегмент, начиная с переднего конца целома. Каждый каналец пронефроса снабжён воронкой, которая открывается в целом и покрыта изнутри мерцательным эпителием (нефростомом). Таково устройство элементарного компонента почки-нефрона. Другим концом канальцы головной почки соединены с общим, так называемым пронефрическим, протоком, который в качестве мочеточника тянется назад и впадает в клоаку. Связанный с головной почкой участок целома обособляется в виде внешней камеры пронефроса , из которой мерцательные воронки гонят жидкость по мочеточнику наружу. В стенке внешней камеры почки расположен клубок тонких артерий - артериол, из которых в камеру под артериальным давлением осуществляется фильтрация плазмы крови.
У более старшего зародыша, когда нефроны пронефроса успевают развиться в 5-7 передних сегментах туловища, их характер в последующих метамерах из меняется, что свидетельствует о переходе к другой почке - первичной почке, мезонефросу, или туловищной почке . Здесь формируется по несколько канальцев на сегмент, и при каждом, помимо воронки, имеется почечное (или мальпигиево) тельце. Оно представляет собой маленькую целомическую камеру (так называемую боуменову капсулу) с артериальным клубочком внутри. Пронефрический проток при этом тем или иным способом удваивается -продольно расщепляется или просто переходит к новой почке в качестве её мочеточника, но тогда второй канал развивается заново. Для этих протоков сушествуют старые традиционные термины: мюллеров канал, сохраняюший связь с пронефросом , и вольфов канал (по-новому названный ныне архинефрическим: протоком), принадлежащий мезонефросу. Туловищная почка пожизненно функционирует у круrлоротых (по крайней мере, у миног).рыб и земноводных.
