Русь, приняв христианский вариант представлений Византии, еще длительное время оставалась о свободе совести под влиянием языческих воззрений, которые своеобразно включались в православное вероучение. Вместе с византийским вариантом христианства была воспринята и идея подчиненности церкви светским правителям.
В целом свободомыслие — примечательная традиция культуры России, страны, где религиозное вольнодумство приравнивалось царскими властями и церковью к богохульству и ереси и каралось особенно жестко.
Россия позже других стран Европы пошла на признание принципа свободы вероисповедания. В Своде законов Российской империи изданных в 1875 году, все религии на территории страны делились на три группы- государственная православное исповедание, терпимые католическая, протестантская, армяно-григорианская церкви, ислам, буддизм, иудаизм, язычество и нетерпимые секты — духоборы, молокане, иудействующие, скопцы, иконоборцы.
После Октябрьского переворота и установления Советской власти был принят Декрет от 23 января 1918 года 06 отделении церкви от государства и школы от церкви. В этом Декрете впервые провозглашалось, что все религии должны быть в равном положении и что каждый гражданин имеет право исповедовать любую религию или не исповедовать никакой. Таким образом, в этом документе впервые принцип свободы совести получил современную форму — он означал не только свободу выбора вероисповедания, но и свободу не исповедывать никакой религии.
Как отмечают историки-исследователи советского периода Российского общества, в идеологии и практике Советского государства был реализован так называемый государственный атеизм. Однако, давая отрицательную оценку практике реализации свободы совести в СССР, следует признать положительное значение той новой трактовке принципа свободы совести, которая декларировалась в официальных документах. Эта трактовка в последующем получила свое закрепление в ряде международных документов и стала основой для признания принципа свободы совести в таком виде всем мировым сообществом.