Есть вероятность того, что пользователь впоследствии передумает и захочет вернуть удалённый объект, когда стоит пометка её достаточно снять, при интерактивном удалении восстановить данные нельзя.
В 1с один объект, например, документ, может ссылаться на множество других объектов в системе, могут ссылаться множество других объектов. Если бы в системе 1с предприятие было разрешено прямое удаление объектов из базы данных, то это привело бы к ужасным последствиям, так как сразу же бы начали появляться объекты с "битыми ссылками", а это потеря данных, и не правильное функционирование базы данных, которое рано или поздно приведёт к краху базы и практически полной потери Ваших данных!
Контроль ссылочной целостности в 1с означает тот факт, что объект не будет удалён из системы до тех пор, пока на него ссылаются какие-либо другие объекты системы. Как раз пометка на удаление объектов позволяет сохранить механизм ссылочной целостности в 1с, так как обработка удаления помеченных объектов не даст удалить объект пока на него ссылаются другие объекты.