Наиболее радикальный этап реформирования системы таможенных органов приходится на начало 1986 года, когда Главное таможенное управление Министерства внешней торговли было преобразовано в Главное управление государственного таможенного контроля при Совете Министров СССР (ГУГТК при СМ СССР) – самостоятельный орган государственного управления со статусом союзного ведомства. Именно с этого момента началась перестройка системы управления таможенным делом, так как впервые за всю историю Советского государства таможенная служба выделялась организационно. Таможенная служба обрела определенную самостоятельность. С 1986 по 1989 г., несмотря на то, что таможенная служба стала самостоятельной отраслью государственного управления, функции таможенных органов фактически остались прежними, так как почти не изменился порядок экспортно-импортных операций. Как и раньше, главной задачей таможен был контроль за соблюдением государственной монополии внешней торговли.
Также была создана в качестве постоянного органа Совета Министров СССР Гос. внешнеэконом. комиссия (ГВЭК). В ее функции входила реализация внешнеэконом. стратегии и разработка внешнеэконом. законодат-ва.
