В начале ВОВ в ряда Красной армии, ополчения и партизанского движения ушло почти 90% всего личного состава тамож. органов. На 1 сентября 1941 года действовали 37 таможен и таможенных постов, личный состав которых насчитывал 318 человек, в управлении числилось всего 37 человек. К началу 1945 года в таможнях СССР трудились не более 1000 человек. Основными направлениями работы таможенных учреждений в военное время стали: контроль над пропуском грузов в страну из Англии, Канады, США и других союзных и нейтральных стран, а также по линии Международного красного Креста, проверка наземного, морского, авиационного транспорта и его экипажей, промышленного оборудования и т.д. Разгрузка велась круглосуточно. Благодаря усилиям сотрудников таможенных органов в кротчайшие сроки была налажена четкая работа по приему поступавшей в СССР вооружений, боевой техники, транспортных средств и оборудования, продовольствия и других необходимых для ведения боевых действий и обеспечения обороноспособности страны грузов. В частности, значительный поток этих грузов шел в нашу страну через Иран. По южному направлению в Советский Союз доставлялись самолеты, танки, автомобили, взрывчатые вещества, порох, авиационный бензин. Не менее напряженная работа велась таможенными органами и на Дальнем Востоке. Так, через дальневосточные границы осуществлялись поставки продовольствия, медикаментов, химикатов и других товаров из США и Великобритании. Всего в 1941-1945 годы через таможенный досмотр, в основном, Архангельской, Астраханской, Владивостокской, Мурманской и ряда других таможен на западной и южной границах СССР прошло свыше 31 млн. тонн грузов по ленд-лизу (гос. программе, по которой США передавала своим союзникам во II Мировой войне боеприпасы, технику, продовольствие и стратегическое сырье, включая нефтепродукты). Поступавшие в СССР благотворительные грузы пропускались с 1943 года беспошлинно.
Контрабанда в период ВОВ. В начале войны – в основном потребительские товары (табак, спички, шоколад, сода, перец, консервы). С 1944 г. перечень контр. товаров стал более дефицитным (на ввоз – шелк, швейные иглы, драгоценности, фотоаппараты, радио, сапоги из кожи: на вывоз – валюта).
