Расширение территории Российской империи, активизация внешней торговли потребовали увеличения количества таможенных органов, а практика организации таможенного дела — совершенствования управле-ния таможенной охраной.
В 1800 г. восстанавливается компетенция Коммерц-коллегии, которая была разделена на семь экспедиций. Первая ведала делами внешней тор-говли, а также представляла предложения об изменениях в таможенном тарифе и торговом уставе. 8 сентября 1802 г. был принят высочайший манифест об учреждении министерств, по которому таможенные учреждения остались в составе Министерства коммерции. Таможенное отделение имело три стола: первый счетный — по произ-водству дел в таможнях по европейской границе и на морях — Белом, Балтийском, Черном, Азовском; второй — по делам таможен на азиатской границе и по Каспийскому морю; третий — по делам об определении и увольнении чиновников и служителей по та-можням и заставам, о наградах и их производстве.
Особенность в управлении таможнями состояла в предоставлении полной самостоятельности управляющему. Местные начальники и чиновники обязаны были оказывать помощь по первому требованию таможенников. С одной стороны, эта автономность подчеркивала независимость и государственность тамож органов, а, с дркугой стороны, порождала бюрократизм и коррупцию среди сотрудников. На службу в таможню набирались грамотные люди, но спец. учебных заведений по подготовке кадров не было.