В XVII веке таможни имелись во всех городах и местечках, а в больших городах их было по несколько. Так, например, в Москве имелись Большая таможня, Померная изба, где взимались пошлины с хлебных товаров, Мытная изба, в которой платились пошлины с леса, дров, скота. Кроме того, таможенные пошлины собирались также на сельских торжках и ярмарках.
Таможенные головы избирались на один год. На крупных таможнях назначались и “товарищи”, то есть заместители головы. Самые крупные таможни возглавлялись представителями купечества. Назначение таможенного головы оформлялось царским указом. Исходя из результатов работы таможен по итогам года, если суммы пошлин превышали ранее намеченную величину, таможенные головы поощрялись. Награды, а это были, как правило, ценные подарки, вручались в присутствии царя.
В XVII веке право взимания сбора таможенных пошлин было предоставлено некоторым монастырям. Но эти привилегии духовным лицам часто отменялись. Откупы сохраняются не только в XVII, но и в XVIII веке и отменены Высочайшим указом лишь в 1807 году.
Организационная структура таможен была очень простой. В штатах таможен имелись целовальники. Их численность составляла от 10 до 20 чел. На эти должности привлекались служилые люди и черносошные крестьяне. Их и таможенного голову избирали посадские люди и уездные крестьяне. В их обязанности входили оценка и сбор пошлин. На таможне были подъячие. Они вели таможенные книги, оформляли документы и получали жалование за счет сбора с «писчей книги». Управление осуществлялось пятью таможенными органами: Четверть, Разрядный приказ, Приказ большого приказа, Сибирский приказ и Приказ Казанского двора. Эти органы издавали приказы и распоряжения, и в них поступали таможенные сборы и отчеты о работе таможен. Воеводы в управлении осуществляли общий надзор за деятельностью таможен без права вмешательства в сбор пошлин. Существовало 2 способа формирования таможен: «верный», «сдача таможен на откуп». «Верный»: служба строилась на безвозмездной основе. К выполнению обязанностей на таможне привлекались представители купечества, посадских людей и уездных крестьян. Они на безвозмездной основе в течение определенного срока отрабатывали повинность. Возглавляли таможни «таможенные головы», назначавшиеся царским указом. «Сдача таможен на откуп»: заинтересованное лицо заранее вносило в государственную казну определенную сумму денег, равную среднему сбору таможенных пошлин за несколько прошедших лет, получало за это «таможню на откуп» и далее в свою пользу в течение года собирало все пошлины, формируя при этом штат таможни на свое усмотрение.
