Первая классификация различает следующие виды таможенных экспертиз в зависимости от решаемых задач: идентификационные, товароведческие, материаловедческие, технологические, криминалистические. Однако в настоящее время применительно к перемещаемым продовольственным товарам проводятся три вида экспертиз: идентификационные, материаловедческие и товароведческие. Идентификационная таможенная экспертиза – это таможенная экспертиза, которая проводится с целью определения принадлежности товара к однородной группе товаров, его индивидуальных признаков. Материаловедческая таможенная экспертиза – это таможенная экспертиза, которая направлена на исследование состава товаров. Товароведческая таможенная экспертиза – это таможенная экспертиза, которая направлена на установление соответствия товаров установленным нормам.
Вторая классификация выделяет следующие виды таможенных экспертиз в зависимости от числа привлекаемых таможенных экспертов (экспертов): единоличные, комиссионные и комплексные. Единоличная таможенная экспертиза – это таможенная экспертиза, проводимая таможенным экспертом (экспертом) единолично. Комиссионная таможенная экспертиза – это таможенная экспертиза, проводимая комиссией таможенных экспертов (экспертов) одной специальности. Комплексная таможенная экспертиза – это таможенная экспертиза, проводимая комиссией таможенных экспертов (экспертов) в случаях, когда для установления обстоятельств, имеющих значение для дела, необходимы исследования на основе использования знаний различных специальностей, в пределах компетенции таможенных экспертов (экспертов).
Третья классификация выделяет следующие виды таможенных экспертиз в зависимости от оснований их назначения и проведения: первичные, дополнительные и повторные экспертизы. Первичная таможенная экспертиза – таможенная экспертиза, проводимая по обращению таможенного органа для изучения объектов, проб и образцов. Дополнительная таможенная экспертиза – это таможенная экспертиза, назначаемая по вновь открывшимся обстоятельствам. Повторная таможенная экспертиза – это таможенная экспертиза, проводимая в случаях несогласия декларанта, а также таможенного органа, назначившего таможенную экспертизу, с заключением таможенного эксперта (эксперта) по результатам первичной и (или) дополнительной таможенных экспертиз.