Обеспечение рационального природопользования и охраны окружающей природной среды — задача всего государственного механизма, всех государственных органов. Вместе с тем в системе госорганов выделяются специально уполномоченные органы, главной функцией которых является обеспечение рационального использования и охраны природных ресурсов и окружающей природной среды в целом.
Как предусмотрено Конституцией Российской Федерации (ст. 72), природопользование, охрана окружающей среды, обеспечение экологической безопасности, особо охраняемые природные территории, охрана памятников истории и культуры находятся в совместном ведении Российской Федерации и ее субъектов - республик, краев, областей, автономных образований, Москвы и Санкт-Петербурга.
Наиболее общей классификацией органов государственной власти в сфере природопользования и охраны окружающей среды является деление их на органы общей и специальной компетенции. К первым на федеральном уровне относятся Президент Российской Федерации, Федеральное Собрание, Правительство РФ; ко вторым - министерства Российской Федерации, государственные комитеты РФ, федеральные службы России, российские агентства, федеральные надзоры России.
Совершенствование системы специально уполномоченных органов исполнительной власти в области использования и охраны окружающей природной среды и уточнение их компетенции продолжается и по сей день. Так, в соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 22 сентября 1998 г. «О структуре федеральных органов исполнительной власти» было, в частности, упразднено Министерство Российской Федерации по земельной политике, строительству и жилищно-коммунальному хозяйству и утверждена новая структура федеральных органов исполнительной власти, в числе которых значатся Министерство природных ресурсов Российской Федерации, Министерство сельского хозяйства и продовольствия Российской Федерации, Государственный земельный комитет Российской Федерации, Государственный комитет Российской Федерации по охране окружающей среды, Государственный комитет Российской Федерации по рыболовству, Федеральная служба лесного хозяйства России, Федеральный горный и промышленный надзор России, Федеральный надзор России по ядерной и радиационной безопасности, деятельность которых имеет особо важное значение для рационального использования и охраны окружающей природной среды. Указом Президента Российской Федерации от 19 сентября 1997 г. было утверждено Положение о Межведомственной комиссии Совета Безопасности Российской Федерации по экологической безопасности, созданной в целях реализации возложенных на Совет Безопасности задач в области обеспечения экологической безопасности Российской Федерации. К ее функциям, в частности, относятся оценка внутренних и внешних экологических угроз жизненно важным интересам личности, общества и государства; оценка существующих и прогнозирование потенциальных источников экологической опасности; подготовка предложений Совету Безопасности по решению экологических проблем, связанных с защитой здоровья населения, с обеспечением экологической безопасности в промышленности, на транспорте, в сельском хозяйстве и других отраслях экономики, с уничтожением химического, ядерного и других видов оружия в соответствии с международными договорами Российской Федерации, а также с ликвидацией зон экологического бедствия или неблагополучия на территории Российской Федерации и др.
