Высшей судебной инстанцией был монарх. Следующей инстанцией был Сенат. Судебными функциями наделялись приказы и коллегии. В (1719) страна была разделена на судебные округа, в которых учреждались надворные суды, состоявшие из президента, вице-президента и непосредственно судей. При придворных судах начали учреждаться прокуроры, следившие за правильностью судопроизводства. В 1722 году была проведена радикальная судебная реформа. Были упразднены нижние суды. В провинциях учреждались новые провинциальные суды. Параллельно с гражданской судебной системой образовывались военные суды. Реформировался и духовный суд. В качестве 1ой инстанции духовного суда были учреждены управители духовных дел. 2ой инстанцией являлся архиерей епархии. Высшей инстанцией для церковного суда являлся Синод.
Хотя Петр и попытался отделить суд от администрации, однако последовательно это у него не получилось. Создав органы, которые специально занимались судебными делами, Петр сохранил все же некоторые судебные функции за административными органами. Например, суд по земельным делам принадлежал Вотчинной коллегии. Учрежденные Петром надворные и нижние суды действовали под надзором губернаторов и воевод, т. е. подчинялись администрации.
При Петре I была учреждена и прокуратура. Он учредил должность генерал-прокурора при Сенате и прокуроров при коллегиях и надворных судах. Но только при Екатерине II наблюдается стройная система прокурорских органов. В губерниях были созданы должности прокуроров при всех сословных губернских судах и при губернском правлении. Прокурор губернского правления считался губернским прокурором, старшим над прокурорами сословных судов. Сам он находился в двойном подчинении — губернатору и генерал-прокурору империи. В надзоре над судами прокурорам помогали стряпчие уголовных дел.