Главный бухгалтер несет ответственность в случаях: неправильного ведения бухгалтерского учета, следствием чего становится запущенность бухгалтерского учета и искажения в бухгалтерской отчетности; принятия к исполнению и оформлению документов но операциям, которые противоречат установленному порядку приемки, оприходования, хранения и расходования денежных средств, товарно-материальных и других ценностей; несвоевременной и неправильной выверки операций по расчетному и другим счетам в банках, расчетов с дебиторами и кредиторами; нарушения порядка списания с бухгалтерских балансов недостач, дебиторской задолженности и других потерь; составления недостоверной бухгалтерской отчетности по вине бухгалтерии; других нарушений положений и инструкций по организации бухгалтерского учета.
Главный бухгалтер несет наравне с руководителем организации ответственность за нарушение: правил и положений, регламентирующих финансово-хозяйственную деятельность; сроков представления месячных, квартальных и годовых бухгалтерских отчетов и балансов соответствующим органам.
Дисциплинарная, материальная и уголовная ответственность главных бухгалтеров определяется в соответствии с действующим законодательством.
При привлечении главного бухгалтера к уголовной ответственности на него могут быть наложены санкции, предусмотренные Уголовным кодексом Российской Федерации: штраф; лишение права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью; обязательные работы, заключающиеся в выполнении осужденным в свободное от основной работы время неоплачиваемых общественно полезных работ, вид которых определяется органами местного самоуправления; исправительные работы, отбываемые по месту работы осужденного; конфискация имущества; ограничение свободы, заключающееся в содержании осужденного в специальном учреждении без изоляции от общества в условиях осуществления за ним надзора; арест, т.е. содержание осужденного в условиях строгой изоляции от общества; лишение свободы.
Таким образом, главный бухгалтер исполняет особую роль как руководитель бухгалтерской службы и лицо, ответственное за ведение бухгалтерского учета и составление бухгалтерской (финансовой) отчетности.