Фортунатовская школа представляла собой школу формальной лингвистики, которая способствовала закладыванию основ лингвистического структурализма. Её формализм заключался в стремлении исходить не из внешних по отношению к языку категорий логики, психологии, истории, физиологии, а из фактов самой языковой системы. Впоследствии многие представители этой школы отказывались от крайностей формализма. фортунатовской школы. Эта школа оказала влияние на деятельность Московского лингвистического кружка (1915—1924), Пражской лингвистической школы, Копенгагенского лингвистического кружка, массачусетской ветви американского структурализма (Р.О. Якобсон).
В основном в русле фортунатовского направления, но с существенной опорой на идеи И.А. Бодуэна де Куртенэ, Л.В. Щербы, Н.С. Трубецкого происходило формирование и развитие Московской фонологической школы (Александр Александрович Реформатский, 1900—1978; Пётр Саввич Кузнецов, 1899—1968; Владимир Николаевич Сидоров, 1902 или 1903—1968; Рубен Иванович Аванесов, 1902—1982; Алексей Михайлович Сухотин, 1888—1942; давший итоговое обобщение её идей в 60-х—70-х гг. Михаил Викторович Панов, 1920). Представители МФШ опирались на учения И.А. Бодуэна о фонеме и альтернациях, на идеи Николая Феофановича Яковлева (1892—1974) и постоянно полемизировала с Ленинградской / Петербургской фонологической школой (Л.В. Щерба и его ученики и последователи), критикуя её за учёт “внеязыковых” факторов, в первую очередь за психологизм и интерес к звуковой субстанции. МФШ преимущественно ориентировалась на формальные, имманентно-структуралистские критерии. Здесь понятие фонемы было соотнесено с понятием морфемы (а не слова в тексте, словоформы, как в щербовской школе), что обусловило более абстрактный и в силу этого более удалённый от физической реальности уровень фонологического анализа. Было принято понятие нейтрализации фонологических оппозиций, выдвинутое пражцами. Было принято различать сильные и слабые фонологические позиции. Допускалась возможности пересечения в одной слабой позиции (позиции нейтрализации) двух или более фонем. Были введены понятия гиперфонемы, слабой фонемы, фонемного ряда.
