Загострення політичної боротьби вело до розколу України за територіальною ознакою. Україна поділилася на два гетьманства — Правобережне і Лівобережне, Починається період Руїни (1683—1687).
Гетьманом Лівобережної України був Іван Брюховецький (1663—1668), Правобережної — Павло Тетеря (1663— 1665).
Тетеря тримався пропольської орієнтації, у 1664 р. спільно з поляками вдерся на Лівобережну Україну і спробував підняти козаків у похід на Москву, але невдало. Пізніше переслідування Тетерею учасників анти-польських повстань викликали настільки сильне невдоволення, що Тетеря зрікся гетьманства і втік до Польщі.
Іван Брюховецький, що правив на Лівобережжі, проводив промосковську політику. Він став першим українським гетьманом, що їздив до Москви, де віддав Україну під безпосередню владу царя. Брюховецький підписав у Москві угоди, які значно посилили російський контроль над Україною. 13 січня 1667 р. Москва таємно, без погодження з українцями, уклала з Польщею Андрусівський мир. Згідно з договором Росії повернуто Смоленськ і Сіверську землю. Лівобережна Україна і Київ залишалися у складі Російської держави, а Правобережжя — під владою Польщі. Офіційне право управління Запорожжям зберігалося за Росією і Польщею. Насправді Запорожжя визнавало управління лише з боку Росії. У відповідь вибухнуло повстання проти Брюховецького та московських гарнізонів. У червні 1668 р. Брюховецький був убитий розгніваним натовпом.
Гетьман Правобережжя України Петро Дорошенко (1666—1676) намагався відновити незалежність України. Восени 1667 р. під натиском об'єднаних козацько-турецьких військ польський король Ян Казимир визнав суверенітет Гетьманату на Правобережній Україні. Дорошенко після загибелі Брюховецького був проголошений гетьманом всієї України.
Однак невдовзі за його відсутності на Правобережжі запорожці проголосили гетьманом Петра Суховія, а поляки — Михайла Ханенка. Вирушаючи проти них у похід, Дорошенко залишив на Правобережній Україні гетьманом Дем'яна Многогрішного (1668—1676). Але російські війська зайняли Лівобережжя, і Многогрішний під тиском обставин присягнув московському цареві.
Україну знову було поділено. Дорошенко змушений був просити допомоги в турків, протекторат яких він визнав ще 1668 року. Його війська виступили на турецькому боці у боротьбі проти Польщі, московського царя та гетьмана Лівобережної України Самойловича. Але, втративши підтримку козацьких мас, він у 1687 р. підкорився Самойловичу.
Турецький уряд проголосив гетьманом Правобережжя Юрія Хмельницького (1677—1681). Прикриваючись його ім'ям, Туреччина і Кримське ханство у 1677 і 1678 роках здійснили два невдалі походи на Придніпров'я. 13 січня 1681 р. між Росією та Туреччиною і Кримським ханством було укладено Бахчисарайський мирний договір. Туреччина і Кримське ханство визнали входження Лівобережної України, Києва і Запорожжя до складу Росії. Скориставшись з поразкою турецького війська у 1683 р. під Віднем Польща відновила своє панування над більшою частиною Правобережної України. 6 травня 1686 р. між Польщею і Росією було укладено «Трактат про вічний мир». За Річчю Посполитою закріплювались Правобережжя, Галичина, Північна Київщина та Волинь, а до Московської держави Лівобережжя, Києв та Запорожжя. Територія на правому березі Дніпра, Південна Київщина та Брацлавщина залишалися нейтральними. Туреччина утримувала Поділля, яке пізніше захопила Польща.
Щораз більший вплив Росії на Україну позначався і поступовим підпорядкуванням Москві Української православної церкви. У 1686 р. Київську православну митрополію було підпорядковано Московській патріархії. Після відвоювання Польщею в Туреччини Правобережної України під владою гетьмана залишилася лише третина колишньої держави Б. Хмельницького. Гетьманщина наприкінці XVII ст. мала десять полків. Автономна козацька структура майже не зазнала істотних змін, на Лівобережній Україні відбулися значні соціально-економічні зрушення. Формувався новий суспільний устрій. Місце правлячого класу займала козацька старшина, яка прагнула зайняти позиції вигнаної польської шляхти. Старшина фактично усунула козацькі маси від прийняття важливих рішень, що вело до загострення відносин між верхівкою та рядовими козаками. Через безперервні війни призвели до економічних труднощей козаків.
Змінився й адміністративно-територіальний поділ України. На землях колишніх Київського, Брацлавського і Чернігівського воєводств, які знаходилися під контролем козаків, було створено 16 військових округів (полків). Полковники здійснювали в своєму окрузі всю повноту цивільної та судової влади. Полки ділилися на сотні на чолі з сотниками.
