Усиливающаяся централизация Московского государства требовала централизованной церкви. Необходима была ее унификация — введение одинакового текста молитвы, одного и того же типа богослужения, одних и тех же форм магических обрядов и манипуляций, составляющих культ. С этой целью во время правления Алексея Михайловича патриархом Никоном была проведена реформа, оказавшая значительное влияние на дальнейшее развитие православия в России. За основу изменений была взята практика богослужений в Византии. Реформа была провозглашена на торжественной службе в московском Успенском соборе в так называемую Неделю православия 1656 г. (первое воскресенье Великого поста). Царь Алексей Михайлович поддержал реформу, а соборы 1655 и 1656 гг. одобрили ее. Однако со стороны значительной части бояр и купечества, низшего духовенства и крестьянства она вызвала протест. В основе протеста лежали общественные противоречия, принявшие религиозную форму. В результате начался раскол церкви. Тех, что был не согласен с реформами, называли раскольниками. Во главе раскольников стояли протопоп Аввакум и Иван Неронов. Против раскольников использовались средства власти: тюрьмы и ссылки, казни и гонения. Аввакум и его сподвижники были расстрижены и отправлены в Пустозерский острог, где были сожжены заживо в 1682 г.; других ловили, пытали, били, обезглавливали и жгли. Особенно жестоким противостояние было в Соловецком монастыре, который удерживал осаду со стороны царских войск около восьми лет. Реформы Никона привели к расколу церкви, в результате которого образовалось две группы старообрядцев: поповцы(имели священников) и беспоповцы (священников заменили уставщики). В свою очередь, эти группы делились на множество толков и согласий. Наиболее мощными течениями были «духовные христиане» — молокане и духоборы. Основателем молоканства считается бродячий портной Семен Уклеин. Молокане признают Библию в отличие от духоборов. У них она ассоциируется с образом «духовного молока», которым окормляется человеческая душа. В их учении, изложенном в книге«Догматы молокан», большое место уделяется предсказаниям второго пришествия Христа и установления на земле тысячелетнего царства. Управляются общины выборными руководителями-наставниками. Богослужение состоит в чтении Библии и пении псалмов.
Духоборы основным вероисповедным документом считают не Библию, а «Книгу жизни» — собрание псалмов, сочиненных самими духоборами. Бог толкуется ими как «вечное добро», а Иисус Христос — как человек с божественным разумом.
Христоверы - еще одно течение старообрядчества — учат, что Христос может вселиться в каждого верующего; они отличаются крайней мистикой и аскетизмом. Главная форма богослужения — «радения», имевшие целью достижение единства со Святым Духом. «Радения» сопровождаются плясками, песнопениями, пророчествами, экстазами. От них отделилась наиболее фанатичная группа верующих, которые считают главным средством нравственного совершенствования оскопление мужчин и женщин. Они получили название «скопцы».
