В сентябре 1802 г. было образовано Министерство иностранных дел.
С его созданием Коллегия иностранных дел не прекратила своего существования, однако постепенно все важнейшие политические вопросы были переданы в ведение различных подразделений МИДа. Окончательно Коллегия была упразднена в 1832 г.
Первый министр иностранных дел А.Р.Воронцов сформировал временную канцелярию, которая первоначально делилась на 4 экспедиции, занимавшиеся политической перепиской.
Позднее, в 1806 г., была установлена новая структура Канцелярии министра.
В составе МИД появился ряд новых департаментов, в том числе Экспедиция консульских дел, Учебное отделение восточных языков.
К 1816 г. МИД обрел четкую структуру, которая сохранялась стабильной до 40-х годов XIX в. Глава МИД управлении - министр иностранных дел. Также у него были заместители или помощники - два статс-секретаря МИД.
Центральный аппарат МИД включал: Канцелярию, Департамент внутренних сношений, Азиатский департамент и Департамент личного состава и хозяйственных дел.
Также входили Архивы МИД, Комиссия по изданию государственных грамот и договоров и редакционные конторы официальных изданий МИД на русском и французском языках.
В 1846 г. по предложению канцлера К.В.Нессельроде было принято "Учреждение Министерства иностранных дел", определившее новую структуру и функции Министерства.
Согласно ему Министерство иностранных дел имеет предметом: политические сношения с иностранными государствами, ходатайство о законной защите российских подданных в чужих краях и содействие удовлетворению справедливых домогательств иностранцев по делам их в России".
В результате Крымской войны (1853-1856 гг.) международное положение России серьезно осложнилось. В этот непростой для России период в 1856 г. МИД возглавил А.М. Горчаков, с именем которого связаны крупнейшие достижения на международной арене, а также реорганизация самого ведомства.
В 1868 г. было введено сокращение штатов центральных подразделений ведомства.
К 90-м годам 19 в. в связи с усложнением внешнеполитических задач вновь назрела необходимость структурного преобразования Министерства.
Только после назначения в мае 1906 г. министром иностранных дел А.П.Извольского в МИД была проведена очередная, растянувшаяся на несколько лет реформа с целью модернизации структуры ведомства ( в соответствии с новыми политическими условиями, созданными революцией 1905 г. и созывом Государственной думы).
В частности, тогда был создан Отдел печати, в обязанности которого входило отслеживать публикации русской и иностранной прессы по международной тематике.
В 1914 г. при министре С. Д. Сазонове был одобрен законопроект о новых штатах МИД, который не был реализован в связи с началом первой мировой войны.