Сохранила обособленный статус при некотором изменении функций и внутреннего устройства, перераспределении дел между отделениями. Канцелярия рассматривала предварительно все проекты, вносимые министерствами в Госсовет. Второе отделение участвовало в разработке концепций, проектов реформ, составляло свои проекты такого рода реформ. Им подготовлены тома второго издания полного собрания Свода законов Российской империи. В 1882 г. Второе отделение упразднено, предметы ведения переданы в Госсовет. Изменялись функции и Третьего отделения. Отделение собирало материалы, готовило обозрения общественно-политической жизни, состояния местной власти и управления, руководило дознаниями по политическим делам, репрессивно-карательными мерами с помощью отдельного корпуса жандармов. В условиях подъема массового общественного движения сложилось мнение о слабости отделения, которое не справилось с задачами, оно было упразднено, а дела его переданы в ведение МВД. Четвертое отделение канцелярии преобразовано. На его основе 1880 г. учреждена собственная Ее Императорского Величества канцелярия, ведавшая делами и учреждениями императрицы Марии. Оставшееся Первое отделение развернуто в собственную Е.И.В. канцелярию, которая обрела значение ближней канцелярии царя и высшего органа государственного управления. Усилены ее функции по вопросам заведования личным составом чиновников всего государственного аппарата. В канцелярии сосредоточены все назначения, увольнения, производства в чины, награждения. Канцелярия выполняла функции своеобразного высшего органа, использовалась императорами для обеспечения личного влияния, централизации всей системы государственного управления.
