Религиозная теория «Москва — третий Рим» обосновала мысль о России как последнем оплоте истинной веры — вселенского православия. Это требовало повышения статуса русской церкви, что совпадало с интересами светской власти. В 1589 г. При царе Федоре Ивановиче фактическому правителю России боярину Борису Годунову удалось добиться учреждения в Москве патриаршества, подтвержденного решением Константинопольского собора. Первым московским патриархом стал Иов. Основание патриаршества стало важной вехой в истории русской церкви. В годы Смуты церковь в целом и особенно монастыри стали одним из основных оплотов борьбы за национальное возрождение. Как уже говорилось, патриарх Филарет в значительной степени сконцентрировал в своих руках не только духовную, но и светскую власть. Высшее управление Русской Православной Церкви представлял патриарх в единении с собором высших церковных иерархов. Освященные соборы при патриархах созывались реже, чем при московских митрополитах, но собор 1667 г. Принял решение о двукратном в год созыве соборов, что соответствовало каноническим правилам. Отличи- ем от других поместных церквей было то, что архиепископы и епископы по своим властными полномочиями не отличались от митрополитов и не подчинялись им. В 1620—1626 гг. патриарх Филарет провел реформу управления огромным церковным имуществом и персоналом. Для заведования патриаршей областью были созданы приказы, которые затем распространили свои полномочия на земли церкви на всей территории России. Приказ Духовных дел, или Патриарший разряд, выдавал грамоты духовным лицам, получавшим рукоположение от патриарха, а также на сооружение церквей, вершил суд по преступлениям против веры над клириками и мирянами. Казенный приказ ведал сборами в патриаршую казну. Дворцовый приказ ведал светскими чиновниками патриарха и хозяйством его дома. В царствование царя Алексея Михайловича возникают противоречия между укрепившимся самодержавием и церковью. Стремление светской власти поставить под контроль хозяйственную деятельность церкви , ограничить монастырское землевладение, судебный, фискальный иммунитет монастырей и белого духовенства встретили сопротивление церковных иерархов, патриарха Никона, отстаивавшего «симфонию властей». Конфликт совпал с расколом церкви в результате реформы патриарха Никона по приведению богослужебных книг и обрядов в соответствие с греческими оригиналами. Против бескомпромиссно проводимой реформы непримиримо выступили сторонники «древнего благочестия», одним из руководителей старообрядцев был протопоп Аввакум. Духовный раскол ослабил позиции церкви. Церковь начинает попадать, несмотря на ликвидацию Монастырского приказа, в прямую зависимость от государства, что является одним из индикаторов эволюции самодержавия в сторону абсолютной монархии.
