Религиозная теория «Москва — третий Рим» обосновала мысль о России как последнем оплоте истинной веры. Это требовало повышения статуса русской церкви, что совпадало с интересами светской власти. В 1589 г. при царе Федоре Ивановиче фактическому правителю России боярину Борису Годунову удалось добиться учреждения в Москве патриаршества. Первым московским патриархом стал Иов. В годы Смуты церковь в целом и особенно монастыри стали одним из основных оплотов борьбы за национальное возрождение. Патриарх Филарет в значительной степени сконцентрировал в своих руках не только духовную, но и светскую власть. Он в равной степени стремился укреплять обе власти. В первой половине XVII в. Филарету удалось в наибольшей степени приблизиться к идеалу двуединства церкви и государства.
Высшее управление Русской Православной Церкви представлял патриарх. В отличие от восточных патриархов русский не имел при себе постоянного собора (синода). Освященные (церковные) соборы при патриархах созывались реже, чем при московских митрополитах. В работе соборов принимали участие цари.
В 1620—1626 гг. патриарх Филарет провел реформу управления огромным церковным имуществом и персоналом. Для заведования патриаршей областью были созданы приказы. Приказ Духовных дел, или Патриарший разряд, выдавал грамоты духовным лицам, вершил суд по преступлениям против веры. Казенный приказ ведал сборами в патриаршую казну. Дворцовый приказ ведал хозяйством дома патриарха. Персонал приказов составляли как светские, так и духовные лица. Это укрепило позиции церкви, сохранявшей высокий авторитет и обладавшей огромной материальной и военной мощью.
В местном самоуправлении большую роль играл церковный приход.
В царствование царя Алексея Михайловича возникают противоречия между укрепившимся самодержавием и церковью. Стремление светской власти поставить под контроль хозяйственную деятельность церкви, ограничить монастырское землевладение встретили сопротивление церковных иерархов. Конфликт совпал с расколом церкви в результате реформы патриарха Никона. Духовный раскол ослабил позиции церкви.
