Переход к сословно-представительной монархии привел к существенному изменению местного управления. Были созданы земские органы самоуправления, одобренные Стоглавым собором, вводившим в стране выборных старост, целовальников (для исполнения судебных, финансовых и полицейских обязанностей), сотских и пятидесятских.
К ведению земских органов относились сбор податей и суд по гражданским и мелким уголовным делам. Земские старосты и другие должностные лица свои обязанности по рассмотрению гражданских и уголовных дел осуществляли без взимания пошлин с населения.
Система кормления заменилась новой, основанной на принципе самоуправления.
В середине XVI в. вместо наместников-кормленщиков вводились губные органы, которые выбирались из среды определенных слоев населения. Дворяне и дети боярские выбирали главу губного органа – губного старосту, утверждаемого в должности Разбойным приказом. Аппарат губного старосты составляли целовальники.
В начале XVII в. в дополнение к губным и земским органам были учреждены воеводы, назначаемые Разрядным приказом и утверждаемые царем и Боярской думой. В больших городах назначались несколько воевод. В отличие от кормленщиков воеводы получали государево жалованье и не могли обирать местное население. Одна из основных задач воевод состояла в обеспечении финансового контроля. Воеводы осуществляли учет количества земли и доходности земельных участков. Сборы налогов проводили выборные старосты и целовальники, но надзор за ними осуществляли воеводы. Он ведал также стрельцами и наблюдал за состоянием крепостей.
Реорганизация вооруженных сил в пользу постоянных войск на местах потребовала создания военных округов (разрядов), объединявших несколько уездов. В результате образовалось промежуточное звено управления — разрядный центр.
