У 1529 р. на засіданні рейхстагу у Шпаєрі католицька більшість провела рішення за яким католицькі церковні служби повинні були стати обов'язковими на території князівств і в містах, прихильних лютеранству.У відповідь 5 князів і 14 міст, прихильників лютеранства, склали протест, в якому заявили, що у питаннях віри неможливо підкорятися рішенню більшості. Відтоді прихильників лютеранської віри стали називати протестантами, а лютеранську церкву — протестантською. Коли вникла небезпека поширення лютеранських ідей в Італії папа Павло ІІІ (1534-1549 рр.) створює у 1542 р. Конгрегацію верховної інквізиції - Вищий апостольський трибунал, якому доручає боротися з поширенням єресі. З часом вона поширила свій вплив майже на всі католицькі держави. Папа закликав її викорінювати найменші прояви єресі, “...ні в якому разі не діяти м'яко, не сумніватися ніколи, і якщо для прикладу іншим буде потрібно покарати — робити це без вагань”. З особливою жорстокістю інквізиція діяла в Іспанії та Португалії, де всі підозрювані, “залишки лютеран” і “прибічники еразмізму” засуджувалися до спалення. Перший список заборонених книг був опублікований в Нідерландах в 1529. Венеція і Париж пішли за прикладом Нідерландів в 1543 і 1551 роках відповідно. Перший римський список був складений Павлом IV. Цензурні принципи цього списку були визнані занадто жорсткими, і після того, як Тридентський собор змінив церковне законодавство у сфері заборони книг, Пій IV поширив у 1564 т. н. Тридентський список. “Індекс заборонених книг”. Вміщені в “Індексі...” книжки вилучались у книготорговців і спалювалися на майданах, разом із портретами авторів. Винним у читанні або переховуванні заборонених книг загрожував суд інквізиції. До нього було включено всі твори П'єра Абеляра, Жана Кальвіна, Еразма Ротердамського, а також такі знакові літературні візитівки доби, як "Декамерон" Дж. Боккаччо, "Про монархію" Данте Оліґ`єрі та інші. Водночас з цим папа доручив раді церковних учених розробити проект реформи, яка мала зміцнити католицьку церкву. Затвердити цю реформу повинен був церковний собор, який зібрався у місті Триденті.Тридентський собор працював з перервати з 1545 р. до 1563 р. і отримав від Папи повну свободу дій в обговоренні питань церковного життя. Собор закликав до очищення церкви від негідних її членів, продаж індульгенцій і церковних посад було заборонено, за поведінкою священиків установлено суворий нагляд. Церква повернулася до своєї головної справи — піклуватися про душі людей і допомагати бідним; ченці відкрили брами монастирів для хворих і жебраків, стали надавати притулок бездомним і хліб голодним. За наказом Папи Пія V (1566—1572 рр.) було вдвічі зменшено римський двір, введено сувору фінансову звітність, вигнано всіх хабарників.Рішення собору надихнули новими силами прихильників католицизму, але його категорична відмова вести діалог з протестантами сприяла посиленню релігійного розколу в Європі.На Тридентському соборі було також затверджено основні католицькі догмати, які й зараз визначають обличчя сучасного католицизму.
Особливу роль у боротьбі проти Реформації відіграло “Товариство Ісуса”, або орден єзуїтів, створене іспанським дворянином Ігнатієм Лойолою (1491—1556). Затверджений папою у 1540 р. орден одразу поринув у буремні події тих часів. Завдяки своїм особливостям новий орден став основним знаряддям папства у боротьбі проти реформаційного руху. Головною особливістю ордену була жорстка дисципліна, яка панувала серед єзуїтів і передбачала повне підкорення членів ордену їхнім керівникам. Накази керівників належало виконувати без вагань, навіть якщо вимагалося вчинити смертний гріх, і почувати себе вільним од відповідальності. За вчинки підлеглих відповідали лише їхні керівники. Досконала організація дозволяла орденові діяти надзвичайно ефективно, у найкоротші терміни досягати поставленої мети, використовуючи будь-які методи. Проте орден не був об'єднанням тупих виконавців, які автоматично виконували накази керівників. “Товариство Ісуса” було орденом інтелектуалів, які мали чудову освіту й неабиякі природні здібності, які усвідомлено надали всі свої можливості справі відродження могутності церкви. Досягти своєї мети єзуїти намагалися, впливаючи на думки й душі людей, а не лише способом політичних інтриг і змов. Заняття політикою не були головними в діяльності ордену.
