Повстання К. Косинського (1591–1593) – перший великий селянсько-козацький виступ. Приводом до нього стало захоплення білоцерківським старостою К. Острозьким козацьких земель. Даючи відсіч зухвалому шляхтичеві, загін реєстрових козаків на чолі з К. Косинським у грудні 1591 р. захопив замок і місто Білу Церкву. Цей виступ, підтриманий міщанами та селянами, незабаром переріс у масштабний повстанський рух, який протягом 1592–1593 pp. охопив Київське, Волинське, Брацлавське і частково Подільське воєводства. Зібравши двохтисячне військо, повстанці в травні 1593 р. розпочали новий наступ. Під час облоги Черкас загинув К. Косинський. Залишившись без лідера, повстанці зазнали поразки.
1594 р. розпочинається козацько-селянське повстання під проводом С. Наливайка. Як сотник надвірних козаків князя Острозького він був змушений брати участь у придушенні повстання 1591–1593, проте після битви під П'яткою в долі Наливайка відбувається крутий злам – він залишає службу і організовує на Брацлавщині загін нереєстрових козаків. Здійснивши вдалий похід проти татар. Відчувши власну силу і намагаючись її збільшити, козацький ватажок посилає на Січ своїх посланців з метою прихилити на свій бік січовиків для виступу проти поляків. Повстанський рух охопив всю Брацлавщину, Київщину і Волинь. Коли повстанці, стали для шляхетської Польщі серйозною загрозою, урядом було прийнято рішення кинути проти селянсько-козацького коронне військо С. Жолкевського. Розуміючи, що протидіяти численному, вишколеному та озброєному польському війську він не зможе, Наливайко з невеликим загоном (понад 1500 чоловік) відступив на Волинь, а звідти через уманські ліси до Білої Церкви. Саме в цьому місті було об'єднано сили трьох козацьких ватажків – С. Наливайка, М. Шаули, Г. Лободи. В урочищі Гострий Камінь біля Трипілля відбулась остаточна битва, після якої вони мусять відступати за Дніпро. На Солониці під Лубнами повстанці були оточені, загостр. суперечності серед старшини. Лободу вбивають за підозрою в зраді, а Наливайка і Шаулу видають полякам. Опір було зламано. Наливайка і його соратників повезли до Варшави і у квітні 1597 р. стратили. З 1596 до 1625 р. домінувала поміркована течія, найяскравішими представниками якої були гетьмани Самійло Кішка (1600-1602) та Петро Конашевич-Сагайдачний (1616-1622).
На початку 20-х років ХVІІ ст. загострюються стосунки козацтва з польськими властями. Відігравши вирішальну роль у Хотинській війні, в якій Польща отримала перемогу, козацтво зазнало поразки. За умовами миру, укладеного 1621 р., йому заборонялося судноплавство по Дніпру та вихід у Чорне море. Крім того, польський уряд не виплатив зароблених козаками грошей та скоротив реєстр. Утворилася значна невідповідність між силою, авторитетом, впливом козацтва та його реальними правами й привілеями. Посилення тиску з боку польського уряду викликало нову хвилю козацько-селянських повстань. Повстання 1625 р. під проводом гетьмана Марка Жмайла – закінчилося підписанням Куруківської мирної угоди 1625 р. Згідно з нею всі повстанці були амністовані, козацький реєстр зростав з 3 до 6 тис., а плата реєстровцям збільшувалася до 60 тис. злотих. Водночас козакам заборонялося втручатися у релігійні справи, здійснювати морські походи та мати відносини з іноземними державами.
Повстання 1630 р. під проводом гетьмана Тараса Федоровича (Трясила). Підсумком повстання стало укладання 8 червня 1630 р. ще однієї компромісної угоди – Переяславської, суть якої полягала в збереженні основних вимог Куруківської угоди та збільшенні реєстру до 8 тис. осіб. Новим масштабним виступом народних мас стало повстання 1637-1638 рр., яке очолили гетьмани Павло Бут (Павлюк), Яків Острянин, Дмитро Гуня. Придушивши повстання, Польща вжила жорстокі заходи проти запорожців. У 1638 р. польський сейм схвалив “Ординацію Війська Запорозького реєстрового”, за якою скасовувалося козацьке самоврядування, число реєстрових козаків обмежувалося 6 тис. осіб. Козаки мали право селитися в трьох староствах – Черкаському, Чигиринському та Корсунському. Замість обраного гетьмана уряд направляв свого комісара. Нереєстрові козаки переходили до стану посполитих.
