1) Теорія «етнічних витоків». Згідно з теорією «етнічних витоків», козаки – це особлива група нащадків інших народів (хозар, черкесів, татар). В польській історичній школі 16-17 ст. теорія отримала назву «кочівницька» під впливом гіпотези сарматського походження шляхти. З розширенням джерельної бази та становленням історичної науки, кочівницькі гіпотези були відкинута офіційною історіографією.
а) «хозарська»– ототожнює козаків з давніми народами степу «козарами» або хозарами (почата Г.Граб’янкою, продовжена автором “Історії Русів” і російським дворянським істориком Олександром Рігельманом (який потім вказав на недосконалість теорії);
б) «чорно-клобуцька»– вбачає в них нащадків «чорних клобуків» – тюркського племені, яке у давньоруські часи жило в пограничному зі Степом Пороссі (М.Стрийковський (близько 1547-1582 рр.) в “Хроніці польської, литовської, жмудської і всієї Русі”, російський історик М.Карамзін);
в) «черкаська» – вважає виникнення козацтва одним з наслідків процесу міграції в Подніпров'я черкесів (черкасів), які до того проживали в Тмутаракані. Дві останні версії іноді об’єднуються під назвою «чорноклобуцько-черкаська» Ця гіпотеза базувалася на повідомленні Воскресенського літопису, в якому зазначено, що “все чорные клобуки, єже зовуться черкасы”. З деякими відмінностями і доповненнями її приймали М.І.Карамзін, І.М.Болтін, М.П.Погодін, С.М.Соловйов, Д.М.Бантиш- Каменський;
г) «татарська» – виводить козацький родовід з татарських поселень, що виникли на Київщині за часів Володимира Ольгердовича та Вітовта, де шляхом злиття татарського елементу з місцевим населенням утворилася якісно нова верства – козацтво (І.М.Каманін, М.І.Костомаров);
д) «касозька» - походження від племені касогів з Кавказу(П.Симоновський, В. М. Татищев, Г. Ф. Міллер).
е) «половецька» - походження від половців, які тривалий час перебували в степовому Причорномор’ї. В 20 столітті апологетом половецького походження козаків був російський вчений Гумільов.
Продовженням теорії «етнічних витоків» є дві теорії - «бродницька» і «болохівська». Деякі вважають їх різновидами теорії «етнічних витоків». Деякі виводять їх окремими теоріями.
2) «бродницька» – висвітлює генетичний зв'язок козацтва зі слов'янським степовим населенням періоду Київської Русі – «бродниками», берладниками і галицькими вигнанцями, які мешкали в 11 – 13 століттях в Північному Причорномор'ї і пониззі Дунаю. Теорія була започаткована польським істориком А.Яблоновським. Частково цю гіпотезу підтримували Грушевський і Гумільов. Водночас, вони вказували на відсутність прямого зв'язку між спільнотами бродників і козаків, через наявність часової прірви. Різновидом бродницької гіпотези є болохівська гіпотеза;
3) «болохівська» – пов'язує козаччину з існуванням у давньоруських автономних громадах так званих болохівців, які після встановлення монгольського іга добровільно прийняли протекторат Орди і вийшли з-під влади місцевих князів. Існує інше пояснення «болохівської теорії». Назва теорії пішла від «Болоховської землі», що охоплювала подільський край. Теорія постала в розвідці М. П. Дашкевича. На думку вченого, татари, поселившись на Поділлі після ординської навали, підпали під вплив місцевої людності, можливо навіть прийняли хрещення і займалися землеробством, тваринництвом та промислами, чому сприяли великі природні багатства.
4) «автохтонна» – доводить, що козацтво як спільнота є прямим спадкоємцем, логічним продовженням вічових громад Київської Русі, які за литовської доби не зникли, а лише трансформувалися, зберігши свій вічовий устрій, у військово-службові формування, підпорядковані великому литовському князю. Основоположниками автохтонної теорії генези українського козацтва можна по праву вважати польського хроніста Марціна Бельського та французького дворянина Гійома Левассера де Боплана. Подальший розвиток вона знайшла в літописі Самійла Величка, а саме – обґрунтування походження козаків з місцевої української людності. Автохтонну теорію підтримували і розвивали такі відомі дослідники козаччини як М.С.Грушевський,В.Б.Антонович, Д.І.Яворницький, В.О.Голобуцький, В.А.Смолій, В.О.Щербак, А.Ю.Чабан та багато інших.;
5) «уходницька» – пов'язує виникнення козацтва з утворенням на території Наддніпрянщини громад вільних озброєних людей, котрі прибували сюди на промисли за рибою, бобрами, сіллю, дикими кіньми та іншою здобиччю;
6) «захисна» – відповідно до «захисної» теорії козаки появились у зв'язку з необхідністю захистити південні кордони країни від набігів татар;
7) «соціальна» («утікацька», класова) – факт виникнення козацтва пояснює як наслідок посилення економічного, політичного, національного та релігійного гніту, яке штовхало селянство до масових втеч на вільні землі та самоорганізацію в нових місцях проживання. Ця теорія є панівною в радянській й пострадянській історіографії (М.Н.Петровський,І.П.Крип’якевич, В.О.Голобуцький, К.Г.Гуслистий);
8) «боярська» – козаки сформувалися на основі руських бояр та незнатного військового люду Литви та Польщі, професійних військових, які не отримали статусу шляхтичів і були змушені займатися війною та розбоєм (Антонович, Леп'явко, П.Куліш);
9) етимологічна, побудована на семантичних висновках. Польські шляхетські історики Павло Пясецький, Самуель Твардовський, Веспасіан Каховський та Г.Конисський виводили термін "козак" від слова "коза", зважаючи на спритність козаків.
Виникнення козацтва спричинив комплекс причин та факторів, тому всі ці теорії слід розглядати в комплексі. Жодна з цих теорій не може пояснити всю складність виникнення та формування козацтва, оскільки кожна з них базується на якомусь одному чиннику із економічної, етнічної, воєнної чи соціальної сфер. Водночас більшість з них містить раціональні зерна, синтез яких дає можливість наблизитися до правильної відповіді. Посилення визискування селянства і міщанства, релігійний і національний гніт, напади татар призводили до того, що частина населення втікала в незаселені степові райони середньої течії Дніпра. Там утікачі поступово об'єднувались у групи, які спільно полювали, нападали на татар, відбиваючи в них полонених та награбоване майно.
